1. 질의내용
가. 사실관계
○ 甲법인은 2006∼2012귀속 사업연도 중 일본 소재 乙법인에게 개발기술비를 지급하고 동 지급액을 사용료소득으로 판단하여 원천징수(10%) 납부하였음
○ 과세관청의 세무조사결과 상기 지급한 개발기술비는 사용료 소득이 아닌 배당으로 판단하여 2012.3.27. 손금불산입 배당처분하여 법인세를 경정고지하고 甲법인에게 이전소득금액통지서를 교부함
○ 甲법인은 사용료소득이 아닌 것으로 경정됨에 따라 당초 과다하게 원천징수된 세액(10%)에 대하여 2012.5.10. 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나 법정신고기한으로부터 3년 경과분에 대하여 환급을 받지 못함
* 한·일 조세조약 제10조 제1호 가목에 따라 배당소득에 대한 제한세율 5% 적용대상임
나. 질의요지
○ 국세기본법 제45조의2의 후발적 경정 등의 청구사유에 해당되는지 여부
2. 관련법령
○ 국세기본법 제45조 의2【경정 등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
○ 국세기본법 시행령 제25조 의2 【후발적 사유】
법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
3. 관련사례
과세관청의 법인세 경정으로 당해 「경정의 대상이 되는 사업연도」의 손금이「경정의 대상이 되는 사업연도 외의 사업연도」에 귀속하게 되어「경정의 대상이 되는 사업연도 외의 사업연도」에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있습니다.
○ 서면인터넷방문상담1팀-1244, 2006.09.12.
과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 관할세무서장에게 경정 등을 청구할 수 있으나,
국세기본법 제45조의 2 제1항에 의한 경정청구기한이 경과한 경우에는 같은법 제45조의2 제2항 및 같은법 시행령 제25조의2에서 열거하고 있는 사유가 발생한 경우에 한하여 후발적 사유에 의한 경정 등의 청구가 가능한 것입니다.
○ 법규과-1317, 2012.11.09
귀 과세기준자문의 경우, 당초 근로소득으로 연말정산된 급여에 대하여 과세관청이 세무조사과정에서 가공경비로 손금불산입하고, 이를 증여가액으로 보아 증여세를 고지한 것은「국세기본법」제45조의2제2항에 해당되지 아니하는 것임
○ 대법원2007두13906, 2007.10.12
=> 서울행정법원2006구합11934
후발적인 사유에 기한 경정청구는 과세표준의 신고 또는 과세표준 및 세액의 결정이 있은 후 납세의무자 자신의 임의적 의사와는 관계없이 과세표준 및 세액의 기초가 된 사실에 중대한 변경사유가 발생한 경우 납세자를 보호하기 위하여 예외적으로 허용한 특별규정으로서, 일반적인 경정청구와 달리 법정신고 기한 내에 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자에게도 허용되고, 일반적인 경정청구기간의 제한을 받지 않는다는 점 및 실질과세의 원칙과 기간과세의 원칙, 권리의무확정주의, 기타 세법상의 제원칙 등을 종합할 때, 법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정사유인 ‘과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정된 때’에 있어서 ‘판결 등’이라 함은 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고, 그것이 판결의 주문과 이유에 의하여 객관적으로 확인되는 민사사건의 판결이나, 그 이외의 판결이나 결정문 자체로는 거래 또는 행위에 대한 판단을 알 수 없더라도 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고 그 결론에 이르게 된 경위가 조서 등에 의하여 쉽게 확정할 수 있는 자백간주에 의한 판결이나 임의조정, 강제조정, 재판상 화해 등의 경우만을 한정한다고 해석하여야 할 것이다.
○ 서울행정법원2011구합32027, 2012.04.27
국세기본법 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 참조). 살피건대, 국세기본법 제45조의2 제2항 등 관계 법령의 문언 내용과 입법 취지 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 쟁점 판결에 의하여 이 사건 제1 임대차보증금이 업무무관 가지급금이 아니라는 점이 확인되었다고 하더라도 이를 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호에서 정한 후발적 o경정청구 사유로 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
1) 국세기본법 제45조의2 제2항, 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호는 후발적 경정청구사유로 “그 밖에 제1호부터 제3호 까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우”를 들고 있고, 한편 같은 조 제1, 2, 3, 호는 “최초의 신고 결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 ”관청의 허가나 그 밖에 처분, 계약 및 과세표준 계산자료 등이 사후적으로 변경된 것을 그 사유로 들고 있으므로, 과세관청에 의한 관계 법령의 해석이 판결에 의하여 변경된 것은 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 것으로 볼 수 없어 국세기본법 시행령 제25조의2 제1호 내지 제3호에서 정한 사유에 준한다고 문리적으로 해석할 수 없다.
○ 서울행정법원2012구합27909, 2012.12.07
다. 판단
1) 국세기본법 제45조의2 제2항에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말마암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다. 특히 위 조항 제2호 및 제5호에 의하면，과세 표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는，소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있거나 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 나아가 국세기본법 시행령 제25조의2는 후발적 경정청구 사유로，최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우(제1호)，최초의 신고 · 결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우(제2호)，최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수，그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우(제3호)， 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정 에 준하는 사유가 있는 경우(제4호)를 규정하고 있다.
2) 앞서 본 인정사실 및 위와 같은 관련 규정에 비추어 이 사건에 대하여 살피건대，① 원고는 김BB과 합의하여 자신의 필요경비에 해당하는 임차료에 관하여 실제보다 적은 금액의 세금계산서를 수수하기로 하고，종합소득세 등 신고시 스스로 그 세금계 산서상의 금액만을 필요경비로 산입하였던 점，② 피고의 김BB에 대한 경정은 사실관 계의 변동을 수반하지 아니한 채 당초 김BB이 과소신고하였던 수입금액을 올바르게 바로잡은 것에 불과하여，원고의 소득을 김BB에게 변경시키는 경정으로 보기는 어려운 점，③ 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호의 위임에 따라 제정된 같은 법 시행령 제25조 의2 각 호는 후발적 경정청구사유의 유형을 제시하고 있는데，과세표준 및 세액계산의 근거가 된 거래 또는 행위의 효력이 법정신고기한 후에 새로이 발생한 사유로 변경되는 것을 전제로 하고 있는 바，이 사건의 경우 사실과 다르게 세금계산서가 작성된 것에 불과 하여 원고의 종합소득세 법정신고기한 후 필요경비에 관한 거래 내지는 행위의 효력이 변경된 바 없는 점 등에 비추어 보면，피고의 김BB에 대한 부가가치세 및 종합소득세의 경정·고지처분은 국세기본법 제45조의2 제2항 제2호 소정의 ‘소득이나 그 밖의 과세물 건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때’에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 경정청구사유가 위 규정에 해당하지 않는다고 보아 이루어진 이 사건 거부처분은 적법하다.
