1. 질의내용

○ 버스운수업체가 지자체와 체결한 ‘시내버스 준공영체 시행협약’에 따라 표준운송원가를 정하고, 표준운송원가와 실제 벌어들인 수입금과의 차액을 지자체로부터 ‘운송수입 보조금’으로 지원받는 경우, 해당 보조금이 중소기업특별세액감면 대상소득에 해당하는지?

2. 사실 관계

○ 시내버스운송업을 영위하는 해당법인은 지방자치단체와 버스운송사업조합간에 체결한 ‘시내버스 준공영제 협약’에 따라 ‘운송수입 보조금’을 지원받아 수입금액으로 처리하고 있음

 * 시내버스 준공영제

   민영제와 공영제의 장점을 혼합한 방식으로, 지자체가 시내버스 노선 및 운행계통에 대한 조정·관리 권한을 가지고, 버스운송사업체는 시내버스 운행과 관련한 노무·차량관리 등을 담당.

   민·관이 버스운송수입을 공동 관리하며, 운행실적에 따라 수입금을 배분하고, 부족분에 대하여는 지자체 재정으로 표준운송원가와의 차액을 보전함

 * 버스운송업체의 수입금구조

   ① 지자체는 매년 협의를 통해 대당 표준운송원가를 확정

   ② 운송업체가 벌어들인 운송수입금과 표준운송원가와의 차액분을 ‘운송수입 보조금’ 명목으로 지자체로부터 지원받아 수입금액으로 회계처리

 * 운송수입금액(표준운송원가) = 운송수입금 + 운송수입 보조금

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권이 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

 1. 감면 업종

  자. 운수업 중 여객운송업

 2. 감면 비율

  가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 “도매업 등”이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10

  나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20

  다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 30

  라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업 등을 경영하는 사업장: 100분의 5

  마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장: 100분의 10

  바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 15