1. 사실관계

○ (주)000000는 본점 관할세무서장에게 사업자단위과세사업자로 사업자등록 신청을 하고 2012.2기 과세기간부터 사업자단위로 부가가치세를 신고ㆍ납부하고 있으며

 - 사업자단위과세사업자 등록이전에 지점사업자번호로 발급된 세금계산서가 착오에 의한 필요적 기재사항 오류로 인하여 수정세금계산서 발급사유가 발생되었으며

 - 이 경우 ｢부가가치세법 시행령｣ 제59조제1항제5호에 따라 수정세금계산서를 발급하고자 함

2. 질의내용

○ 사업자단위과세사업자로 등록하여 사업자단위과세를 적용받기 이전에 종된 사업장이 발급한 세금계산서에 대해 필요적 기재사항의 착오에 의한 수정세금계산서 발급사유가 발생한 경우

 - 발급하는 수정세금계산서에는 과거 종된 사업장의 사업자등록번호를 기재하는지 또는 현재 본점의 사업자등록번호를 기재하는지 여부

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제4조【신고ㆍ납세지】

 ① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다.

 ② 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할 세무서장에게 신청한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

 ③ 제1항에도 불구하고 제5조제2항 및 제3항에 따라 사업자 단위로 등록한 사업자(이하 "사업자단위과세사업자"라 한다)는 그 사업자의 본점 또는 주사무소(主事務所)에서 총괄하여 신고ㆍ납부할 수 있다. 이 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고ㆍ납부와 관련하여 이 법을 적용할 때 각 사업장으로 본다.

 ④ 제1항의 사업장의 범위는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제5조【등록】

 ② 제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록할 수 있다.

 ③ 제1항에 따라 등록한 사업자가 사업자 단위로 등록하려면 사업자단위과세사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 등록하여야 한다.

 ④ 사업장 관할 세무서장(제2항의 경우에는 본점 또는 주사무소 관할 세무서장을 말한다. 이하 같다)은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 등록한 사업자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업자등록증"이라 한다)을 발급하여야 한다.

 ⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 등록사항이 변경된 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

 ⑥ 사업자가 폐업하거나 제1항 단서에 따라 등록한 후 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에는 사업장 관할 세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제11조【등록 정정】

 ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 지체없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 정정사항과 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록정정신고서에 사업자등록증 및 임차한 상가건물의 해당 부분의 도면(제8호에 해당하는 경우로서 임대차의 목적물 또는 그 면적의 변경이 있거나 ｢상가건물 임대차보호법｣ 제2조제1항에 따른 상가건물의 일부분을 새로 임차하는 경우에 한정한다)을 첨부하여 세무서장(관할 또는 그 밖의 모든 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다. 다만, (중략)

  11. 사업자단위과세사업자가 종된 사업장의 사업을 휴업하거나 폐업하는 때

○ 부가가치세법 제16조【세금계산서】

 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

○ 부가가치세법 시행령 제53조【세금계산서】

 ① 법 제16조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각 호와 같다.

7. 사업자단위과세사업자의 경우 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 종된 사업장의 소재지 및 상호 ▻ 사업자단위 과세이후의 비고란 표기 방법

○ 부가가치세법 시행령 제59조【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】

 ① 법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

  1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우 : 재화가 환입된 날을 작성일자로 적고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

  2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

  3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

  4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 : 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 발급한다.

  5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다.

  가. 세무조사의 통지를 받은 경우

  나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

  다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

  라. 그 밖에 가목부터 다목까지에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우(이하 생략)

○ 부가가치세 사무처리규정 제34조【사업자단위과세 사업자의 신고 및 경정】

 ① 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 사업자단위과세 사업자가 부가가치세 신고를 하는 경우 부가가치세신고서에 “사업장별부가가치세과세표준 및 납부세액(환급세액)신고명세서(시행규칙 별지 제12조의2 서식)”, 부동산임대사업자의 경우 사업장별 “부동산임대공급가액명세서(시행규칙 별지 제14호 서식)”를 첨부하여 제출하도록 안내하여야 한다.

 ② 사업자단위과세 사업자의 수정신고ㆍ경정 등의 청구ㆍ불복청구 및 경정은 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장이 처리하여야 한다.