○ (주)★★(주)(이하 ‘신청인’이라 한다)는 2013.1.1.로 사업자단위과세로 전환되어 지점인 ●●공장, □□공장의 사업자등록번호는 말소되고 본점 사업자등록번호로 통합됨

○ 부산세관장은 2012.12.16.∼12.31. 중 수입통관분에 대하여 2013.1.31.자를 작성일자로 수입세금계산서(이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)를 발급하였는데, 말소된 지점의 상호 및 사업자등록번호를 수입자란에 기재하였음

 - 신청인은 2012.12.16.∼12.31. 동안 수입통관분에 대하여 받은 수입세금계산서 중에 한 장을 예시로 제출하였는데, 2012.12.18. 수입신고 수리되었으며 관세와 부가가치세를 합한 금액에 대하여 2013.1.17. 납부서가 발행되어 2013.1.31. 납부된 사실이 확인됨

○ ‘수입세금계산서의 수입자 정정업무’에 관한 관세청 행정규칙에 따르면 수입신고수리후 납세자의 사정변경으로 납부자사항이 변경된 경우에는 수입세금계산서의 수입자사항은 정정할 수 없음

2. 질의내용

○ 사업자단위과세가 적용되는 과세기간 전에 수입신고수리된 물품에 대하여 사업자단위과세 적용 후에 수입세금계산서를 발급받았는데, 말소된 종된 사업자의 등록번호로 발급받은 경우

 - 수입세금계산서의 매입세액을「부가가치세법」제17조제1항에 따라 공제할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제4조【신고·납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 제5조 제2항 및 제3항에 따라 사업자단위로 등록한 사업자는 그 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고·납부할 수 있다. 이 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고·납부와 관련하여 이 법을 적용할 때 각 사업장으로 본다.

○ 부가가치세법 제5조【등록】

③ 제1항에 따라 등록한 사업자가 사업자 단위로 등록하려면 사업자단위과세사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 등록하여야 한다.

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다.

 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

 2. 공급받는 자의 등록번호

 3. 공급가액과 부가가치세액

 4. 작성 연월일

 5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

⑤ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 다음 각 호의 세액을 공제한 금액으로 한다.

 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

 2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

○ 부가가치세법 시행령 제56조 【수입세금계산서】

법 제16조 제5항에 따라 발급하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 따른다.