1. 질의요지와 사실관계

○ 질의요지 - 면세유류 부정유통 적발시 농협중앙회가 경중을 판단하여 석유판매업자의 지정을 취소할 수 있는지 여부

○ 사실관계

 - 농산물품질관리원에서 면세유류 부정유통을 적발함에 따라 면세유류 관리기관인 농협중앙회는 조세특례제한법 제106조의2제13항에 의하여 위반주유소에 대하여 석유판매업자의 지정을 취소

2. 관련규정 및 사례

○ 조세특례제한법 제106조의2 【농업·임업·어업용 및 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치세 등의 감면 등】

 ② 주유소 등 대통령령으로 정하는 석유판매업자(이하 이 조에서 "석유판매업자"라 한다)가 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차세가 과세된 석유류를 공급받아 농어민등에게 공급한 석유류가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 석유판매업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여 면제되는 세액을 환급받거나 납부 또는 징수할 세액에서 공제받을 수 있다.

 ⑦「농업협동조합법」에 따른 농업협동조합중앙회, 「산림조합법」에 따른 산림조합중앙회 및 「수산업협동조합법」에 따른 수산업협동조합중앙회(이하 이 조에서 "면세유류 관리기관인 중앙회"라 한다)는 면세유 관리업무의 효율화 및 부정 유통 방지를 위하여 필요하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 석유판매업자의 신청을 받아 농어민등에게 면세유를 판매할 수 있는 석유판매업자를 지정할 수 있다.

 ⑫ 관할 세무서장은 농어민등이 아닌 자가 제4항에 따라 면세유류 구입카드등을 발급받거나 농어민등 또는 농어민등이 아닌 자가 농어민등으로부터 면세유류 구입카드등 또는 그 면세유류 구입카드등으로 공급받은 석유류를 양수받은 경우 또는 석유판매업자가 제2항에 따라 신청한 환급·공제세액이 신청하여야 할 환급·공제세액을 초과하는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 추징한다.

  3. 석유판매업자가 제2항에 따라 신청한 환급·공제세액이 신청하여야 할 환급·공제세액을 초과하는 경우에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액을 합친 금액. 다만, 나목은 부당한 방법으로 신청하는 경우에만 적용한다.

   가. 해당 석유류에 대한 부가가치세, 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세 및 자동차세의 감면세액

   나. 가목에 따른 감면세액의 100분의 40에 해당하는 금액의 가산세

 ⑬ 석유판매업자에게 제12항에 따른 감면세액의 추징 사유가 생긴 경우에는 면세유류 관리기관인 중앙회는 면세유를 판매할 수 있는 석유판매업자의 지정을 취소할 수 있으며, 지정 취소된 석유판매업자는 지정취소일부터 5년간 면세유를 판매할 수 없다.

○「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」제20조의2 【면세유류판매업자 지정 등】

 ① 석유판매업자가 법 제106조의2제7항에 따라 면세유를 판매할 수 있는 석유판매업자로 지정을 받으려면 기획재정부령으로 정하는 시설기준, 그 밖의 요건을 갖추어 같은 항에 따른 면세유류관리기관인 중앙회에 지정신청서를 제출하여야 한다.

 ② 제1항에 따라 신청받은 면세유류관리기관인 중앙회는 신청일부터 30일 이내에 지정 여부를 결정하고 기획재정부령으로 정하는 면세유류판매업자 지정증을 신청인에게 교부하여야 한다.

○「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 시행규칙」제11조 【면세유류판매업자 지정요건】

 ① 영 제20조의2제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 시설기준, 그 밖의 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

  1. 농·어민등에게 공급한 석유제품별 물량이 면세유류구입카드 매출전표 또는 영수증에 구분 표시되어 농·어민등에게 교부되도록 영 제16조제1호에 따른 면세유류구입카드를 인식할 수 있는 단말기가 설치되어 있을 것

  2. 영 제15조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자일 것

 ② 영 제20조의2제1항에 따라 면세유류판매업자로 지정을 받으려는 자는 별지 제13호서식의 면세유류판매업자 지정신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 신청하여야 한다.

  1. 석유판매업자 허가증, 등록증 또는 신고필증 사본

  2. 사업자등록증 사본

  3. 면세유류구입카드 인식 단말기 설치 확인서

○「농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」제26조【사후관리】

 ① 농림축산식품부장관, 해양수산부장관 및 산림청장은 면세유가 적정하게 공급되도록 농어민등과 석유판매업자에 대한 조사ㆍ단속 및 면세유류관리기관에 대한 관리감독 등 사후관리를 철저히 하여야 한다.

 ② 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 면세유 부정유통 방지의 실효성 확보에 필요한 경우에는 국립농산물품질관리원 등 관련 전문기관을 지정하여 제1항의 사후관리 업무의 일부를 대행하게 할 수 있다.