이월된 일반기업의 석박사 인건비에 해당하는 연구인력개발비 세액공제액의 최저한세 적용 여부

예규·판례

이월된 일반기업의 석박사 인건비에 해...

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질의회신

법인세과-52

생산일자 2013.01.24.

AI 요약

요지

이월된 중소기업 외 법인의 연구・인력개발비 중 석・박사 인건비 해당액은 2012.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도부터 최저한세 적용

회신

귀 질의의 경우, 중소기업이 아닌 내국법인이 2011.12.31. 이전 개시하는 사업연도에 발생한 연구･인력개발비 세액공제 대상금액에서 석사 및 박사 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 금액이 공제받지 못하고 ｢조세특례제한법｣ 제144조제1항에 따라 이월공제 받는 경우해당 이월공제 받는 연구인력개발비 세액공제액은 ｢조세특례제한법｣(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제132조제1항제3호에 따라 2012.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도부터 최저한세가 적용되는 것입니다.(법규과-28,2013.1.14.)

질의내용

1. 사실관계 및 질의요지

가. 사실관계

○당사는 영상기기를 제조하는 회사로 조특법 제10조에 의한 연구･인력개발비 세액공제를 적용받음

○구 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것)에서는

- 조세특례제한법 상 중소기업외 기업(이하 “일반기업”)의 석･박사 인건비에 해당하는 연구･인력개발비에 대한 세액공제액(이하 “쟁점세액공제액”)은 최저한세 대상이 아니었으나

- 2011.12.31. 조세특례제한법이 개정(법률 제11133호)되어 최저한세 적용대상이 되었음

나. 질의요지

○ 2011.12.31. 이전에 발생하였으나 2012.1.1.이후 최초로 개시된 사업연도로 이월된 일반기업의 쟁점세액공제액이 최저한세 적용대상에 해당하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】 (2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것)

① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금 및 특별감가상각비

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 제104조의22에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조에 따른 법인세의 면제 및 감면

○ 조세특례제한법 제132조 【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】(2011.12.31. 법률 제11133호)

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금 및 특별감가상각비

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제62조제1항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조 및 제121조의22에 따른 법인세의 면제 및 감면

○ 조세특례제한법 부칙 <제11133호,2011.12.31>

제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제87조제2항 및 제6항, 제100조의3(제1항제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목은 제외한다)부터 제100조의6까지, 제100조의9, 제100조의13, 제104조의23 및 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제45조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제116조제1항제5호 및 제121조의23의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행하며, 제100조의15제1항 및 제147조의 개정규정은 2012년 4월 15일부터 시행하고, 제105조제1항제2호의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 기획재정부 조세특례제도과-665, 2009.7.9

2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되어 2004.1.1.부터 시행된 조세특례제한법(이하 ‘개정법’ 이라 한다)제132조를 적용함에 있어, 개정법의 시행일 이전에 최저한세가 적용되어 공제받지 못한 제10조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)에 의한 세액공제액의 이월공제액은 개정법 제132조에 의한 최저한세 적용에서 제외됨

○ 기획재정부 조세특례제도과-36, 2012.1.20

직전 과세연도에 중소기업이던 내국법인이 해당 과세연도에는 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 있어 직전 과세연도에 납부할 세액이 없어 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 중 공제받지 못한 부분에 대하여 같은 법 제144조에 의해 이월공제하는 경우 같은 법 제132조에 따라 최저한세액에 미달하는 세액에 대해서는 세액공제를 적용하지 아니하는 것입니다