1. 사실관계 및 질의요지

가. 사실관계

○당사는 철강관연결구류를 제조하는 업체로 2009년에 연구개발출연금을 지급받아 2010년 연구개발비로 지출함

○ 2010.2.18 조세특례제한법 시행령이 개정되어 연구개발출연금을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은

 -연구･인력개발비 세액공제시 연구･인력개발비를 산정할 때 제외하는 것으로 신설(조특령 §9 ⑧)되고 부칙에 따라 2010.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용됨

나. 질의요지

○2010.2.18. 조특령 개정이전에 받은 연구개발출연금을 조특령 개정 이후에 연구개발비로 지출한 경우 연구･인력개발비 세액공제 대상인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제10조 【연구･인력개발비에 대한 세액공제】 (2010.1.1.-제9924호)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

 1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

  가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

  나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액

  100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(구분경리)하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】(2010.2.18. 제22037호)

⑦ 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 산정할 때 제외한다.(신설 2010.2.18.)

○ 조세특례제한법 시행령 부칙 <제22037호,2010.2.18>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제106조제7항의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제104조의7제1항의 개정규정은 2011년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 부칙 <제9921호,2010.1.1>

제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제37조, 제38조, 제38조의2제2항 각 호 외의 부분("「법인세법」 제46조제2항"의 개정부분만 해당한다), 제46조제4항, 제47조의3("2012년 12월 31일"의 개정부분은 제외한다) 및 제117조제1항제14호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인세과-673, 2011.9.15

 ’09년에 지급받아 ’10년에 지출한 연구개발출연금의 연구개발비 세액공제 대상여부에 대해서는 아래의 내용을 참고하시기 바랍니다.

 ◈ 법규과-1188(2011.9.7)

   내국법인이 「조세특례제한법」 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 2009년에 지급받아 2010년에 연구개발비로 지출하는 경우, 해당 지출금액은 동법 시행령(2010.02.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제9조제7항에 따라 연구ㆍ인력개발비를 산정할 때 제외하는 것입니다.