[관련 참고자료]
1. 사실관계
가. 질의자(이하 “당사”라 함)는 농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률에 의하여 서울특별시가 100% 출자한 지방 공기업임
나. 당사의 주요 매출은 시장사용료(면세), 임대료, 주차료(과세)이며, 시장을 3단계로 나누어 건물을 재건축하려고 함
(1) 재건축방법은 1단계는 임대시설 및 관리업무동, 2~3단계는 도매시설 및 그 부대시설로 나누어 단계적으로 진행할 예정으로 현재 1단계사업이 진행 중임
(2) 1단계와 2~3단계의 건물은 서로 차량이 통행할 수 없도록 난간을 설치할 계획임
다. 1단계 재건축중인 건물은 7개동이며, 그중 1개 동은 당사의 관리업무 등을 위해 사용하고 나머지 6개 동은 당사의 임대수입이 발생하는 임대시설임
(1) 당사가 사용하는 1개동도 전체면적의 약68%는 임대시설이고, 32%가 당사가 사용하는 부분으로 직원들은 도매시장관리 운영, 임대시설관리, 시설물유지보수, 시장사용료 징수 등의 업무를 수행함
(2) 7개동의 공용시설로 주차장 및 기계설비 등의 관련시설 등의 시설이 설치될 예정이며, 재건축 중 영업상 매출은 발생하지 않음
(3) 철거중에 발생하는 고제(철근 등) 및 공사 중에 발생하는 부자재(암반) 등에 대한 매각으로 수익이 발생하는 아주 미미한 수준으로 영업외수익에 해당함
2. 질의내용
가. 단일지번, 단일사업장인 경우 당사의 매입세액안분계산 방법은
나. 추후 1단계 구역과 2~3단계 구역의 통로를 개설하는 경우 추가공사비에 대한 매입세액안분계산방법은
다. 당사가 사용하는 부분은 면세사업에 관련된 면적인지
3. 관련된 법령 및 유사해석사례
○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】
사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.
○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】
① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
