1. 질의내용 요약
가. 사실관계
○ 甲법인(중소기업)은 2008년 귀속 사업연도에 법인세법 제72조에 따라 결손금소급공제를 적용받음
- 2008년 결손금액 100백만원, 소급공제 결손금액 100백만원, 환급세액은 13백만원임
○ 2008년 결산시 비용을 중복공제한 사실이 확인되어 2011년 중 중복공제분을 손금부인하고 수정신고 할 예정임
- 2008년 비용과다계상액 30백만원, 수정신고시 납부세액 390만원임
나. 질의내용
○ 법인세법 제72조에 따라 결손금소급공제를 적용하여 환급받은 이후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준을 경정함에 따라 결손금이 감소된 경우 초과환급신고가산세 및 환급불성실가산세 대상인지 여부
2. 관련법령
○ 국세기본법 제47조의4 【초과환급신고가산세】
① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의3의 규정을 적용한다. 다만, 「부가가치세법」 제17조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2007.12.31>
② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.
1. 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액에 대한 가산세액 : 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액의 100분의 40에 상당하는 금액
2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 초과환급신고한 세액 중 부당한 방법으로 초과환급신고한 세액 외의 세액의 100분의 10에 상당하는 금액
③ 제47조의2제5항 및 제6항의 규정은 초과환급신고가산세의 부과에 관하여 준용한다.
○ 국세기본법 제47조의5 【납부·환급불성실가산세】
① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다.
납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율
② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.
초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. <개정 2007.12.31>
1. 「소득세법」 제158조 및 제159조의 규정에 따른 가산세가 부과되는 경우
2. 「법인세법」 제76조제2항 및 제98조제2항·제3항의 규정에 따른 가산세가 부과되는 경우
3. 「부가가치세법」 제34조제2항의 규정에 따른 가산세가 부과되는 경우
4. 「부가가치세법」 제17조의2제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우
④ 제1항의 산식 중 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액과 제2항의 산식 중 초과하여 환급받은 세액은 「법인세법」 또는 「조세특례제한법」에 따라 소득세 및 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액을 포함하여 산정한다. <개정 2007.12.31>
⑤ 제1항 또는 제2항의 규정을 적용하는 경우 「부가가치세법」 제18조의 규정에 따른 예정신고납부와 관련하여 가산세가 부과되는 부분에 대하여는 동법 제19조의 규정에 따른 확정신고 납부와 관련한 가산세를 부과하지 아니한다.
○ 법인세법 제72조【결손금 소급공제에 의한 환급】
① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업년도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업년도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.
② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.
③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 결손금이 발생한 사업년도와 그 직전 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다.
⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업년도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업년도의 법인세로서 징수한다.
⑥ 결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법 시행령 제110조【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】
① 법 제72조제1항에서 "대통령령이 정하는 법인세액"이라 함은 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의2의 규정에 의한 토지등양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 "감면세액"이라 한다)을 차감한 금액(이하 "직전 사업연도 법인세액"이라 한다)을 말한다.
② 법 제72조제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.
1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액
2. 직전 사업연도의 과세표준에서 법 제14조제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전 사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 "소급공제 결손금액"이라 한다)을 차감한 금액에 직전 사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액
③ 법 제72조제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 기획재정부령이 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. <개정2008.2.29>
④ 법 제72조제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조제2항의 결손금중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다.
[법 제72조제3항의 규정에 의한 환급세액(이하 이 조에서 "당초 환급세액"이라 한다)] × 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 아니한 결손금을 초과하는 금액 소급공제 결손금액
⑤ 법 제72조제5항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액
2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율
⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다.
⑦ 제6항의 규정에 의하여 당초 환급세액을 재결정함에 있어서 소급공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우 그 초과 결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다.
3. 유사사례
○ 재정경제부 법인세제과-31, 2005.01.13
법인세법 제72조 및 조세특례제한법 제8조의3(2002.12.11., 법률 제6762호로 삭제되기 전) 규정에 의하여 결손금소급공제에 의한 환급을 받은 법인이 당초부터 결손금소급공제 신청요건에 해당되지 아니함에 따라 관련 환급세액 상당액을 추징당하는 경우 법인세법 제76조 제1항의 규정에 의한 미납부가산세가 적용되는 것임.
○ 서면인터넷방문상담2팀-1859, 2005.11.21
법인이 과세표준과 세액을 신고함에 있어서 법인세법 제72조의 규정에 의하여 결손금소급공제에 의한 환급을 받은 세액을 기납부세액으로 다시 공제하여 과다 환급됨에 따라 당해 환급세액 상당액을 추징당하는 경우 같은 법 제76조 제1항 제3호의 규정에 의한 납부불성실가산세를 적용하는 것입니다
법인이 법인세법 제13조 제1호에서 규정하는 이월결손금을 공제하여 과세표준을 신고한 이후에 직전 사업연도분에 대한 과세표준 경정으로 이월결손금이 감소됨에 따라 당해 사업연도에서 공제할 이월결손금이 감소되는 경우 이월결손금의 감소로 증가된 과세표준은 법인세법시행령 제118조 제4항에서 규정하는 부당과소신고금액에 해당하지 아니한다
○ 대법원2001두10721 2003.7.25.
(나) 결손금소급공제에 의한 환급은 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도로서, 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대해 직전사업연도에 부과된 세액을 한도로 환급을 구할 수 있는 것을 내용으로 하고 있으며, 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 구하는 것은 아니므로 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 구하는 것을 내용으로 하고 있는 국세기본법 제45조의2의 경정청구규정은 결손금소급공제에 의한 환급에는 적용되지 아니하는 것이다