1. 사실관계

○ ○○ 주식회사(이하 “양수인”이라 함)는 20××년 ×월 23일에 □□주식회사(이하 “양도인”이라 함)와 사업양수도 계약을 체결하고

 - 양도인은 현재 영위하고 있는 사업 중 ●●사업부문(이하 “본건 영업”이라 함) 및 본건 영업 관련 자회사 및 손자회사(이하 “자회사”라 함)의 주식을 양수인에게 포괄적으로 양도하기로 함

○ 양수도 대상자산 및 대상채무의 실사기준일은 20××년 ×월 30일이며, 실사기준일을 기준으로 하여 기준대차대조표을 작성함

 - 양도인이 본 계약에 따라 본건 영업 및 자회사 주식을 양수인에게 계약의 거래기준일인 20××.××.1.에 양도할 예정으로

 - 거래기준일에 자산 및 부채가 이전되고 20××.××.2.에 대금이 지급되며, 양도인과 양수인 상호 협의에 의해 세금계산서 발행 여부를 결정할 예정임

○ 본 계약의 양수도 대금은 ×,×××이며, 본건 영업의 순자산을 기준으로 거래종결일 이후에 양수도 대금을 사후 조정할 예정으로

 - 사후 조정 금액은 기준대차대조표와 종결대차대조표의 순자산가액 변동분을 가지고 조정될 예정이며

 - 조정방법과 절차는 계약서상 명시하고 있음

○ 양도인과 양수인이 세금계산서를 발행하기로 결정하는 경우 조정되는 정산금액에 대한 부가가치세액을 양도인과 양수인 간에 지급 및 환급할 것임을 계약서상 명시하고 있음

2. 신청내용

○ 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 해당하는 경우로서 양수인이 양도인으로부터 세금계산서를 발급받는 경우 및 양수인이 양수도 대금을 거래종결일 이후 정산하면서 양도인으로부터 거래대금의 증가분에 대하여 수정세금계산서를 발급받는 경우

 - 세금계산서 관련 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제10조 【재화 공급의 특례】

⑧ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제23조 【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】

  법 제10조제8항제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 「조세특례제한법」 제37조제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

 1. 미수금에 관한 것

 2. 미지급금에 관한 것

 3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

 3. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○부가가치세법 시행령 제76조 【면세되는 공급에 세금계산서를 발급한 경우】

  법 제39조제1항제3호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우를 말한다.

 1. 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급하면서 발급한 세금계산서의 매출세액을 포함하여 법 제37조에 따라 계산한 해당 과세기간에 대한 납부세액을 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하고 납부하였을 것

 2. 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급에 대하여 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서를 발급하지 아니할 것

○부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

 3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

 8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등(법 제39조제1항제3호 단서에 따라 매입세액을 공제받은 경우는 제외한다)에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급