1. 사실관계

○ ★★시는 2006∼2012년까지 ◆◆체험관을 조성하여 총 21동의 건물을 신축함

 - 1차 설계변경내역서를 기준으로 건물에 대한 총 공급원가는 583여억원이며, 2012.10.22. 현재 과세사업(부동산임대-매점, 식당)에 사용할 면적 및 공급가액이 확정되었으며, 그 면적은 건물전체대비 약 6.3%임

 - ★★시는 건물을 신축하면서 발급받은 세금계산서의 공통매입세액에 대하여 안분계산 하지 아니하고 전액 불공제로 신고하였으며

 - 수익사업 개시일인 2007.1.1.부터 2013.7.까지 부가가치세를 신고하고 있음

2. 질의내용

○ 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대하여 안분계산없이 전액 공제하지 아니한 경우,「부가가치세법 시행령」제81조제5항 및 제82조에 따라 공통매입세액을 정산받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

 ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

  1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

 ⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제82조【공통매입세액의 정산】

사업자가 제81조제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

  1. 제81조제4항제1호 및 제2호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우

  2. 제81조제4항제3호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우

○ 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】

 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

  1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

  2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때