1. 사실관계 및 질의내용

O 사실관계

- 학교법인 ○○학원 (이하 [갑]학교법인)은 사립학교법 제2조에 의하여 사립학교(△△대학교)를 설치 경영함을 목적으로 설립된 공익법인임

- □□산업(주) (이하 [을]법인)은 △△대학부속병원 운영에 필수적으로 수반되는 병원의 적출물 등 의료폐기물 처리, 의료기구와 의료용품 공급 및 청소 등의 용역을 제공하여 대학부속병원 운영 및 의과대학 교육에 필수적인 일을 담당할 목적으로 [갑]학교법인이 사립학교법에 의해 처음부터(1968년) 100% 출자한 법인이고

- [을]법인은 대학부속병원 운영에 부대되는 필수적인 업무를 지원하는 한편, 매년 예상되는 이익금의 대부분을 [갑]학교법인에 전입시키고 있음

 < [을]법인에 의한 수익사업 경영근거 >

 ․ 사립학교법 제6조 제1항에서 학교법인은 사립학교의 경영에 충당하기 위하여 수익을 목적으로 하는 사업을 할 수 있도록 규정하고 있고

 ․ 동법 제10조 제1항 제8호에서 수익사업을 경영하고자 할 때에는 그 사업의 종류 기타사업에 관한 사항을 기재한 정관을 작성하여 교육부장관의 허가를 받도록 하고 있음

- [갑]학교법인이 [을]법인에 2008년 85억원을 증자하게 된 경위는,

 ․ 수익사업용 자본금은 사립학교법 시행령 제4조의2에 의하여 대학설립․운영규정(대통령령 제19095호)에서 정하는 금액 이상을 확보하도록 규정하고 있는데, 동 규정을 2005.10.25. “대학의 경우 수익용 기본재산을 100억원이상 확보하여야 한다”라고 개정하였음

 ․ 위 대통령령 개정시점의 [을]법인의 자본금은 20억원 이어서, 개정법령에 따라 [을]법인은 자본금을 100억원 이상 확충하여야 하는데 이를 즉시 이행하지 못하다가 교육부의 감사지적에 따라 2008.10.21.에 10억원, 2008.11.11.에 85억원을 각각 증자하여 자본금을 105억원으로 확충하였음

O 질의내용

- 사립대학교(의대) 교육에 필요하여 사립학교법에 따라 처음부터 당해 학교법인이 100% 출자한 수익사업법인의 자본금을 법령이 개정(100억원 이상)됨에 따라 증자(20억원→105억원)해야만 되는 경우, 그 증자금액이 증여세 과세가액 산입대상인지 여부를 질의함

2. 관련 법령

○ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등 (2010. 1. 1. 개정)

2. 출연자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 “특수관계인”이라 한다)이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 (2011. 12. 31. 개정)

② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다. (2010. 12. 27. 단서개정)

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인등이 그 공익법인등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식등을 취득하는 경우는 제외한다.

가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등 (2010. 1. 1. 개정)

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우 (2010. 1. 1. 개정)

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 (2010. 1. 1. 개정)

5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 (2010. 1. 1. 개정)

6. 그 밖에 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업을 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우 (2010. 1. 1. 개정)

 (이하생략)

○상속세 및 증여세법 제49조 【공익법인 등의 주식 등의 보유기준】

① 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적에 사용한 실적과 그 밖에 그 공익법인 등의 공익 기여도 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인 등에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우: 1999년12월 31일까지

2. 그 공익법인등이 보유하고 있는 주식등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 20을 초과하는 경우: 2001년 12월 31일까지

② 제1항을 적용할 때 주식등의 보유기준의 계산방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.