[관련 참고자료]

1. 사실관계

가. 질의자는 ☆☆광역시 조례에 따라 설립한 지방공사로서, 도시철도법 적용을 받는 도시철도공사임

 - 과세사업(광고, 임대업 등)과 면세사업(여객운송) 겸업사업자

나. 민간자본을 유치하여 지하역사 리모델링 사업(상가조성 및 역사시설교체)을 통해 기부채납을 받고 사업시행자에게 일정기간 동안 상가 운영권을 부여할 예정임

 - 질의자는 기부채납 설치가액 전체에 대해 세금계산서를 교부받았고, 사업시행자에게는 상가시설 사용수익기간에 걸쳐 안분하여 부동산임대용역에 대한 세금계산서를 교부할 예정임

2. 질의내용

○ 과면세 겸영사업자의 매입세액 안분계산 여부

3. 관련된 법령 및 유사 해석사례

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.

2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.

○ 서면인터넷방문상담3팀-2669, 2006.11.06.

1. 사업자가 과세 및 면세사업과 관련하여 지방자치단체 소유의 토지에 건물을 신축·준공하여 당해 자치단체에 귀속(기부채납)시키고 동 시설에 대한 무상 사용·수익권을 얻어 과세 및 면세사업에 사용함에 있어 당해 건물신축에 관련된 매입세액을 「부가가치세법 시행령」 제61조 제4항 제3호 규정의 사용면적비율에 의하여 계산한 경우 당해 기부채납하는 신축건물 중 과세사업에만 사용되는 면적분에 대하여는 부가가치세가 과세되고 이와 관련된 매입세액은 전액 공제하며, 면세사업에만 사용되는 면적분에 대하여는 부가가치세가 면제되고 이와 관련된 매입세액은 전액 불공제하는 것입니다.

2. 또한 이 경우 과세 및 면세사업에 공통으로 사용되는 면적분에 있어서는 당해 재화의 기부채납일이 속하는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시하여 직전 과세기간이 있는 경우에는 같은법 시행령 제48조의2 제2항 규정에 따라 안분계산하는 것이나, 당해 재화의 기부채납일이 속하는 과세기간에 신규로 사업을 개시하여 직전 과세기간이 없는 경우에는(귀 질의 건물신축 준공사용일과 기부채납일이 동일한 과세기간인 경우) 같은법 시행령 제48조의2 제3항 제3호 및 제61조 제3항 제3호의 규정에 의하여 과세하고 이와 관련된 매입세액은 공제하는 것입니다.

○ 재소비46015-118, 2002.05.01.

부가가치세가 면제되는 의료업을 영위하는 국립병원이 응급병동을 신축하여 준공과 동시에 국가에 귀속(기부채납)시키고 동 시설에 대한 무상사용수익권을 얻어 면세사업에 사용하는 경우 당해 신축건물의 기부채납에 대하여는 부가가치세가 면제되며, 건물 신축시에 부담한 부가가치세 매입세액은 공제되지 아니한다. 다만, 이 예규를 시행하기 이전에 면세사업자가 면세사업에 공할 기부채납자산에 대해 이미 매입세액을 공제받은 경우에는 국가에 기부채납시 과세하나, 매입세액을 공제받지 아니한 경우에는 기부채납시 과세하지 아니한다.

○ 부가46015-2749, 1997.12.06.

귀 질의의 경우에는 구체적인 거래사실 관계가 불분명하여 명확한 답변을 드리기 어려우나, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업과 과세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 또는 제4항의 규정에 의하여 안분계산하는 것임. 참고로, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서규정 적용대상 중 동조항 신설전후 거래분에 대한 공통매입세액 안분계산 및 정산방법에 대하여는 붙임 기 질의회신문(부가 46015-2046, 1997.09.04)을 참조.

* 부가가치세법 시행령 제61조는 현행 제81조로 변경됨