1. 사실관계

○ 갑재단은 5개 병원을 운영하는 비영리의료재단으로,

- 재단소속 병원을 차의과대학교(을대학)의 교육협력병원으로 운영하고 있음

  * ｢대학 설립․운영규정 제4조(校舍)｣에 따르면 의학대학의 경우 부속병원을 갖추도록 되어있으나, 을대학의 경우 부속병원이 없어 부득이 갑재단의 분당병원을 교육협력병원으로 지정하여 의과대학을 설립한 후 분당병원에 교원을 파견하여 의과대학 학생들에 대한 강의, 연구, 임상실험 등에 사용 중에 있음.

○ 갑재단은 분당병원을 을대학의 부속병원으로 교육부에 등록하기 위하여 아래와 같이 재단을 해산한 후

- 분당병원 모든 자산․부채는 을대학에 부속병원으로 사용하도록 출연하고,

- 분당병원 외 4개 병원의 모든 자산․부채는 이미 설립되어 있는 다른 비영리의료재단인 병재단에 출연하고자 함

  → 해산후 잔여재산을 사업장별로 분할 포괄출연

○ 이에 따라 갑재단은 2013.5.14. 이사회를 개최하여 법인해산 및 잔여재산 출연을 결의하고

- 2013년도 중에 모든 법률적 행정적 절차를 완료하기 위해 현재 관계부처(교육부․보건복지부 등)와 협의 및 자산실사 등의 절차를 진행 중에 있음

○ 갑재단 해산 후 을대학에 출연할 분당병원의 자산․부채 내역

(단위:억원)

 * 의료발전준비금의 경우 고유목적사업준비금을 분당병원내 여성전문병원 신축관련비용으로 지출한 것으로서, ｢법인세법 시행령｣ 제56조제6항제3호 및 제10항, 같은 법 시행규칙 제29조의2 및 기본통칙 29-56…6에 따라 처리한 것임

2. 신청내용

○ 비영리 재단법인이 해산 후 잔여재산을 출연하는 과정에서 발생하는 양도차익(장부가액과 감정가액의 차액, 부담부증여 해당)의 법인세 과세여부

○ 비영리 재단법인의 해산등기일 현재 법인세법상 고유목적사업준비금 및 의료발전준비금 잔액을 사업장별로 자산․부채를 포괄적으로 출연받는 비영리법인이 승계할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제3조【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

 1. 각 사업연도의 소득

 2. 청산소득(淸算所得)

 3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

 1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에게 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다. (2010.12.30. 신설)

④ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

 1. 해산한 경우(제3항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다) (2010.12.30. 개정)

 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조 제3항에 따라 승인취소되거나 거주자로 변경된 경우

 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

○ 법인세법시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

⑥ 법 제29조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다.

 1. 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용(제31조 제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

 2. 특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 ｢국세기본법｣ 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험ㆍ연금관리ㆍ공제사업 및 제2조 제1항 제8호에서 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액

3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액

⑩ 제6항제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다

○ 법인세법시행규칙 제29조의 2 【의료기기 등의 범위】

① 영 제56조 제6항 제3호에서 “의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산”이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다.

 1. 병원 건물 및 부속토지

 2. ｢의료기기법｣에 따른 의료기기

 3. ｢보건의료기본법｣에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비

② 영 제56조 제10항에서 “기획재정부령이 정하는 의료발전회계”라 함은 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다.

○ 법인세법 기본통칙 29-56…6 【의료발전회계의 처리방법】

① 의료법인이 의료기기 등 규칙 제29조의 2에서 규정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다.

② 제1항에 따라 지출하는 금액은 영 제56조 제10항에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 하며, 이에 대한 세무상 처리방법은 아래와 같다.