1. 사실관계

□ 사업시행자 지정과 개발 경과

○ 갑법인은 2003.8.11. 인천광역시(이하 “인천시”라 함)와 함께 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣(이하 “경자법”이라 함)에 따라

 - 인천경제자유구역 송도 국제업무단지(이하 “국제업무단지”)의 공동 개발사업시행자로 지정되었음

○ 국제업무단지는 인천 송도 연안 매립지 중 1, 3공구 일원 5.77㎢(173만평, 여의도 약 2배)를 동북아시아 국제업무 중심지로 조성하는 초대형 도시개발 사업으로,

 - 부지 매입 후 단기간에 일괄 개발하는 일반 개발사업과는 달리

 -공유수면 매립, 도로 등 기반시설 설치, 주거·학교·공원·병원 등 정주환경 조성, 기업유치를 통한 상업업무시설 개발 등 장기간에 걸쳐 단계적으로 개발하는 장기 프로젝트임

○ 국제업무단지 부지 중 1공구는 2004.5.10., 3공구는 2006.11.17. 각각 매립준공인가를 받아,

 - 경자법에 따라 2005.11.25. 최초 실시계획 승인을 받은 후 도로 등 기반시설 공사 착수하였고,

 - 1공구는 2009. 10월, 3공구는 2012. 5월 각각 기반시설 설치를 완료

○ 이와 동시에 갑법인은 국제학교, 컨벤션센터, 골프장, 아트센터 등을 건설하여 기부채납 완료 또는 예정임

 - 2005.3월 착공한 컨벤션센터를 2009.7월 완공하여 인천시에게 기부채납하였을 뿐만 아니라,

 - 2007.1월 착공한 중앙공원을 2009.8월 기부채납하고, 2009.6월 착공한 아트센터는 현재 공사 진행중으로 2016년 3월에 완공하여 기부채납할 예정

 - 위와 같은 컨벤션센터, 중앙공원, 아트센터는 본건 사업부지의 랜드마크가 되는 대단위 건축물로 인천경제청 홈페이지를 통해서 확인할 수 있으며,

 - 랜드마크가 되는 건축물 외에도 사업부지 내의 도로, 쓰레기집하시설 등의 기반시설도 기부채납 완료하였고,

 - 그 외에 사업부지 곳곳에 녹지를 조성하여 기부채납하였거나, 기부채납예정임

○ 핵심시설인 국제업무시설(오피스)은 여의도 63빌딩 30여개에 상당하는 초고층 오피스들을 개발하는 사업으로 국내외 대기업, 유수기업들의 투자유치가 관건이며,

 - 오피스 부지가 모두 개발 완료되기까지는 최소 30년 이상 소요될 것으로 예상됨

○ 한편, 갑법인은 일부 도로, 공원녹지, 공립학교 등 조성된 기반시설을 인천시에 기부채납하였음

□ 사업대상부지 매매 및 쟁점부지 재매입(반환) 경과

○ 갑법인은 2002.3.20. 인천시와 국제업무단지 부지를 매입하기로 하는 ‘토지공급계약’을 체결하였고,

 - 2005.11월 경자법에 따라 개발계획과 실시계획을 승인받은 후,

 -위 토지공급계약에 따라 2005. 12월 B1, C1, C2, C6-1 등의 필지(이하 “쟁점부지”)를 포함한 국제업무단지 사업부지를 인천시로부터 공급받았음

 - 갑법인은 대규모 개발사업 특성 상 단계적으로 개발에 착수되어 전체 부지를 바로 개발할 수 없음에도 불구하고, 인천시의 재정 등을 고려하여 부지가 매립되는 즉시 일괄 매입하였음

○ 갑법인은 위와 같이 공급 받은 토지를 경자법에 따라 승인된 개발계획과 실시계획에서 정한 용도 및 처분계획 대로만 사용하거나 매각할 수 있으며,

 - 갑법인과 인천시 간에 2005.8.29. 체결된 개발 합의서는 갑법인에게 주거시설과 상업·업무시설을 1:1 수준으로 연동개발^*하도록 하는 의무를 부여하고 있음

   * 주거시설과 상업·업무 시설이 당사자간 미리 정한 비율에 맞춰서 개발되도록 인천시가 주거 및 상업·업무시설 개발에 대한 인허가를 통제하는 방식으로 이뤄짐

○ 위 연동개발 의무에 근거하여 아래와 같이 미리 정해진 일정에 따라 각 필지별로 순차적으로 개발이 진행됨에 따라,

 - 쟁점부지의 경우 2005.12월 토지 공급거래일 이후에도 일정기간 동안 ‘개발 대기 중’인 상황이었음

  [표1] 실시계획에 따른 쟁점부지별 개발일정 현황

○ 한편, 개발 진행과정에서 글로벌 경기침체 등으로 인한 상업시설 수요가 급감하여 기존 인천시와 갑법인 간의 개발 합의에 따른 1:1 연동개발 조건 충족이 불가능해짐에 따라,

 - 2008년 중반부터 연동개발 조건 완화 및 일부부지의 인천시 반환 등을 협의하기 시작하였고, 이에 따라 쟁점부지에 대한 개발 착수가 유보되었음

○ 2009.4.3. 신청인과 인천시는 ‘개발 가속화 및 안정적 사업추진에 관한 양해각서’(본 계약은 2010.4.30. 체결)를 통해 쟁점부지를 인천시가 지정하는 자 또는 인천시가 직접 재매입 하기로 협의하였으며,

 - 세부적인 매수단가 및 매수 방식 등에 대한 논의 과정 중 2009. 12월 감사원의 인천시에 대한 지적^*에 따라

   * 감사원은 인천시에게 동 건 개발사업이 지연되고 있는 점을 지적하면서 쟁점부지에 대한 환매가격을 원가수준에서 조속하게 마무리 하고 개발사업을 가속화하는 방안을 추진할 것을 요구함

 - 매수단가가 토지 공급 원가 수준(원 토지대금 ＋ 취득 및 보유 관련 세금 ＋ 금융비용)으로 결정되어 쟁점부지 반환 과정에서의 신청인의 실질적 거래차익은 원천적으로 배제되었음

○ 갑법인 입장에서는 원가수준 가격으로 위 토지를 재매각할 유인이 적었으나,

 - 피감사기관인 인천시의 입장을 고려하고, 인허가권자이기도 한 인천시와의 협의를 통해 연동개발조건을 완화하여 개발사업을 가속화하기 위해서 인천시의 요구를 수용하였음

○ 한편,재매입 약정 상 잔금청산일은 2012.6.29.이었으나, 인천시의 자금사정으로 인해 잔금 청산일이 2012.9.28.로 1차 연기되었고, 다시 2013.1.31.로 2차 연기된 후에서야 이행이 완료되었음

  [표2] 쟁점부지 취득 및 양도 현황

     - 취득일 : 2005.12.21. 양도일 : 2013.1.31.

단위:백만원

    * 법인세법 제55조의2 [토지 등 양도소득에 대한 과세 특례]에 따른 양도소득 산정할 때 쟁점부지의 장부가액 합계는 21,304백만원

○ 갑법인은 분기별로 본건 사업의 감독청인 인천경제청에 개발사업추진실적보고서 제출

 - 해당 보고서에 따르면 토지면적 기준으로, 준공비율 54% 및 착공비율 13%로 전체 사업부지의 67%가 공사가 완료되었거나 진행 중임

  [표3] 전체계획 대비 준공/착공 현황

2. 신청내용

○ 송도 국제업무단지에 대해 인천광역시와 공동 개발사업시행자로 지정된 내국법인이 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법｣에 따른 개발계획과 실시계획에 따라 순차적 개발 대상에 해당되던 일부 부지를

 - 감사원의 사업시행 지연에 대한 지적 및 대책요구에 의해 개발사업 가속화를 위한 공동개발 당사자 간 협의에 따라 인천시가 원가수준에서 다시 매입하는 경우,

 - 해당 부지가 ｢법인세법｣ 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】제1항 제3호에 따른 비사업용 토지에 해당되는지 여부

3. 관련법령

○법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

  다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

○법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】

 법 제55조의2제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

 3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

 나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○법인세법 시행령 제92조의8 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

 3. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지

○ 법인세법 시행령 제92조의11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

 2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

 3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

 1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정 고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정 고시일부터 5년 이전인 토지

 3. 법 제55조의2제2항제1호나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

 4. 「사립학교법」에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

 5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○ 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

 2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간