1. 사실관계
○ 갑법인은 학교법인이 100% 지분출자한 수익사업체 영리내국법인으로
- 학교법인 산하 4개 부속병원과 00대학교에 의료소모품 및 청소용역, 주차장 운영 등을 제공하고 매년 10억원～20억원 이상의 순이익을 내고 있음
-갑법인은 학교법인 이사장의 배우자가 회장이며(2008.11.1.자 취임)
- 정관상 이사 3명의 구성현황을 보면 이사 모두가 학교법인 직접 관련자로서
▪ 학교법인의 이사장인 AAA과 그 배우자 BBB
▪ AAA의 부(父)이자 학교법인 설립자인 CCC의 재산관리인이었던 DDD(학교법인의 이사)로 구성됨
○ 학교법인의 정관에 학교의 운영을 위하여 수익사업을 영위할 수 있고
- 수익사업을 영위하기 위한 수익사업체로서 갑법인을 두며
- 갑법인을 경영하기 위한 관리인은 학교법인 이사회의 의결을 거쳐 이사장이 정하며
- 갑법인의 운영수익은 학교법인의 경비에 충당됨
○ 갑법인의 이사회 회의록(이사회는 학교법인의 이사들로 구성됨)을 보면
- 매년 결산 전(前)에 당년의 수익예상금액(예상 영업 이익금)을 산정하고 이를 기준으로 학교법인에 고액을 기부
- 법인세 신고서상 기부금 명세서를 보면 법인세법 제24조제2항의 기부금(사립학교법의 사립학교 및 사립학교가 운영하는 병원에 시설비, 교육비, 장학 및 연구비로 지출)으로 처리한 사실이 확인됨
▣ 연도별 기부금 현황
(백만원)
귀속년도 | 기부금 계상액 | 비 고 |
2008 | 1,300 | 현금 |
2009 | 1,282 | 토지, 건물 |
2010 | 1,500 | 현금 |
2011 | 1,500 | 현금 |
2012 | 2,000 | 현금 |
계 | 7,582 |
▣ 갑법인의 매출액 구성
(백만원)
귀속 년도 | 수입 금액 | 원 가 | 특 수 관계자 매 출 | 특 수 관계자 매 입 | 특 수 관계자 이외의매 출 | 특 수 관계자 이외의매 입 | 비고 |
2008 | 44,751 | 40,766 | 43,529 | 0 | 1,222 | 40,766 | 원가에서 판관비는 감안하지 않음 (판관비는 특수관계 이외의매입임) |
2009 | 50,340 | 46,418 | 48,777 | 0 | 1,563 | 46,418 | |
2010 | 53,961 | 49,470 | 52,564 | 0 | 1,397 | 49,470 | |
2011 | 61,424 | 56,298 | 60,052 | 0 | 1,372 | 56,298 | |
2012 | 69,716 | 63,826 | 68,130 | 0 | 1,586 | 63,826 | |
계 | 280,192 | 256,778 | 273,052 | 7,140 | 256,778 |
* 매출 중 일부가 특수관계자 이외의 자와 거래한 사실이 확인되고 매입은 전액 특수관계자 이외의 자와 거래분임
2. 신청내용
○ 학교법인이 100% 출자한 수익사업체인 영리내국법인이 운영수익에서 고액의 법정기부금을 해당 출연자인 학교법인에 기부하는 경우
- 해당 기부행위를 법인의 과세소득을 부당하게 감소시키는 부당행위계산으로 볼 수 있는지 여부
3. 관련법령
○ 법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】
① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1.～2. (생략)
② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금(이하 “법정기부금”이라 한다)에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 당해 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 차감한 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “법정기부금의 손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각 목의 기관(병원을 제외한다)에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금
가.「사립학교법」에 의한 사립학교
5. 다음 각 목의 병원에 시설비·교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금
마. 「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원
○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
○ 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인
가. 「사립학교법」에 따른 학교법인
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인