○ A사, B사(A사의 특수관계자)(이하 “관련기업”이라 한다)는 과거 충남 서천군에서 국가에서 35년간 운영하던 제련소를 인수하여 18년간 운영하였음

○ 2007년 지역주민들의 토양오염 등 환경피해를 주장함에 따라 정부 주도하에 토지오염지역의 토양정밀조사 및 오염개선 종합대책을 확정함

○ 2012.5월 제련소 주변 제3자가 대부분 보유하고 있는 토지(비매입구역, 제련소 반역 1.5∼4㎢)의 토양정화사업추진을 위하여 환경부와 한국환경공단간 토양정화사업 대행계약을 체결함

○ 2012.8월 환경부, 지식경제부, 충청남도 및 서천군(이하 “관계기관”이라 한다)과 관련기업은 사업비 분담비율 결정을 위한 협약서를 작성하였고 그 주요내용은 아래와 같음

 - 오염토양 정화비는 토양오염기여율에 따라 관련기관이 72.5%, 관련기업 27.5%의 비율로 부담하고 오염토양 정화사업수행자는 한국환경공단으로 지정

 - 관계기관은 환경부가 그 부처 내 예산편성의 특성상 특정목적사업을 위해 사기업으로부터 분담금을 직접 수취할 수 없으므로 사업비 분담액을 환경부를 거치지 아니하고 한국환경공단에 직접 납부(납부방법 및 시기는 양자간 협의)

 - 한국환경공단은 2012.10월 중 본격적인 사업추진을 위하여 비매입구역을 3개 공구로 구분하고 각 공구별로 국내 건설사 컨소시엄과 공사계약을 체결함

2. 질의내용

○ 위 토양환경정화사업과 관련하여 관계기관은 협약서에 따라 한국환경공단에 사업비를 납부할 예정인 바, 한국환경공단의 정화사업수행과 관련하여 공사비에 대한 세금계산서 발급방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

 1. 역무를 제공하는 것

 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

④ 제2항에도 불구하고 「전기사업법」 제2조제2호에 따른 전기사업자가 산업용 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 전자세금계산서임을 적은 계산서를 발급하고 전자세금계산서 파일을 국세청장에게 전송할 수 있다. 이 경우 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하고 제3항에 따른 발급명세를 전송한 것으로 본다.

⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제69조 【위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급】

① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도할 때에는 법 제32조제6항에 따라 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

⑤ 용역의 공급에 대한 주선ㆍ중개의 경우에는 제1항과 제2항을 준용한다.

⑥ 「조달사업에 관한 법률」에 따라 물자가 공급되는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 공급자 또는 세관장이 해당 실수요자에게 직접 세금계산서를 발급하여야 한다. 다만, 물자를 조달할 때에 그 물자의 실수요자를 알 수 없는 경우에는 조달청장에게 세금계산서를 발급하고, 조달청장이 실제로 실수요자에게 그 물자를 인도할 때에는 그 실수요자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.

⑦ 「한국가스공사법」에 따른 한국가스공사가 기획재정부령으로 정하는 가스도입판매사업자를 위하여 천연가스(액화한 것을 포함한다)를 직접 수입하는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 세관장이 해당 가스도입판매사업자에게 직접 세금계산서를 발급할 수 있다.

⑪ 「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자가 다른 전기통신사업자의 이용자(「전기통신사업법」 제2조제1항제9호에 따른 이용자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 전기통신역무를 제공하고 그 대가의 징수를 다른 전기통신사업자에게 대행하게 하는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 해당 전기통신역무를 제공한 사업자가 다른 전기통신사업자에게 세금계산서를 발급하고, 다른 전기통신사업자가 이용자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.

⑫ 「전기사업법」에 따른 발전사업자가 전력시장을 통하여 같은 법에 따른 전기판매사업자 또는 전기사용자에게 전력을 공급하고 그 대가를 같은 법에 따른 한국전력거래소를 통하여 받는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 그 발전사업자가 한국전력거래소에 세금계산서를 발급하고 한국전력거래소가 그 전기판매사업자 또는 전기사용자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.

⑬ 「방송법 시행령」 제1조의2제4호 및 제5호에 따른 위성이동멀티미디어방송사업자 및 일반위성방송사업자가 「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자의 이용자에게 각각 위성이동멀티미디어방송용역 또는 일반위성방송용역을 제공하고 그 대가의 징수를 전기통신사업자에게 대행하게 하는 경우에는 법 제32조제6항에 따라 위성이동멀티미디어방송사업자 및 일반위성방송사업자는 전기통신사업자에게 세금계산서를 발급하고, 전기통신사업자가 이용자에게 세금계산서를 발급할 수 있다.

⑭ 「전기사업법」에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 「도시가스사업법」에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다.

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5, 제9호, 제9호의3 및 제12호는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제9호의2 및 제11호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

 6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

 47. 「한국환경공단법」에 따른 한국환경공단

⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

 1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업

 2. 「부가가치세법 시행령」 제3조제2항에 규정된 사업

 3. 부동산임대업

 4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업

 5. 수상오락서비스업

 6. 유원지ㆍ테마파크운영업

 7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 부가가치세법 기본통칙 1-0-2 【손해배상금 등】

① 각종 원인에 의하여 사업자가 받는 다음 각 호에 예시하는 손해배상금 등은 과세대상이 되지 아니한다.

 1. 소유재화의 파손ㆍ훼손ㆍ도난 등으로 인하여 가해자로부터 받는 손해배상금

 2. 도급공사 및 납품계약서상 그 기일의 지연으로 인하여 발주자가 받는 지체상금

 3. 공급받을 자의 해약으로 인하여 공급할 자가 재화 또는 용역의 공급없이 받는 위약금 또는 이와 유사한 손해배상금

 4. 대여한 재화의 망실에 대하여 받는 변상금

○ 토양환경보전법 제19조【오염토양 개선사업】

① 특별자치도지사·시장·군수·구청장은 제18조제2항제1호에 따른 오염토양 개선사업의 전부 또는 일부의 실시를 그 오염원인자에게 명할 수 있다. 이 경우 특별자치도지사·시장·군수·구청장은 토양보전을 위하여 필요하다고 인정하면 환경부령으로 정하는 토양관련전문기관으로 하여금 오염토양 개선사업을 지도·감독하게 할 수 있다.

② 제1항에 따라 오염원인자가 오염토양 개선사업을 하려는 경우에는 환경부령으로 정하는 바에 따라 오염토양 개선사업계획을 작성하여 특별자치도지사·시장·군수·구청장의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항 중 환경부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

③ 제1항의 경우에 그 오염원인자가 존재하지 아니하거나 오염원인자에 의한 오염토양 개선사업의 실시가 곤란하다고 인정할 때에는 특별자치도지사·시장·군수·구청장이 그 오염토양 개선사업을 할 수 있다.

④ 제3항의 경우에 해당 대책지역이 둘 이상의 시·군·구에 걸쳐 있을 때에는 대통령령으로 정하는 시장·군수·구청장이 해당 오염토양 개선사업을 하여야 한다.

⑤ 제3항 또는 제4항에 따라 특별자치도지사·시장·군수·구청장이 오염토양 개선사업을 하는 경우로서 기술 부족, 사업비 과다 등의 사유로 그 실시가 곤란한 경우에는 특별자치도지사·시장·군수·구청장의 요청에 따라 환경부장관 또는 시·도지사는 그 사업에 대하여 기술적·재정적 지원을 할 수 있다.

○ 토양환경보전법 제24조【대집행】

 특별자치도지사·시장·군수·구청장은 제13조제1항에 따라 토양오염검사를 받아야 하는 자나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 명령을 받은 자가 토양오염검사를 받지 아니하거나 그 명령을 이행하지 아니하는 경우에는 「행정대집행법」에서 정하는 바에 따라 대집행(代執行)을 하고 그 비용을 명령위반자로부터 징수할 수 있다.

 1. 제11조제3항 및 제14조제1항에 따른 명령

 2. 제15조제1항에 따른 토양정밀조사명령

 3. 제15조제3항에 따른 명령

 4. 제19조제1항에 따른 오염토양 개선사업 실시명령

 5. 제21조제3항에 따른 토양오염물질의 제거 또는 시설 철거 등의 명령