1. 질의내용

가. 신청내용

○2013.1.1. 법률 제11614호 개정된 「조세특례제한법」 부칙 제11조에 따르면, “제31조제7항 및 제32조제5항의 개정규정은 2013년1월1일 이후 승계받은 사업을 폐지하거나 취득한 주식 또는 출자지분을 처분하는 분부터 적용한다.”라고 규정되어 있는바

 - 2012.12.31. 이전에 법인으로 전환하여 이월과세를 적용받은 경우 해당 부칙 규정의 적용대상인지 여부

나. 사실관계

○甲은 2011.10월 乙법인(파주시 SS산업단지 소재, 철선 제조업 영위)에 「조세특례제한법」제32조의 규정에 따라 사업용고정자산을 사업 양도․양수의 방법으로 전환하고 이월과세를 적용받음

 - 현재 甲은 乙법인의 대표이사이며, 나이가 많아 금융기관 방문 등 경영활동에 어려움이 있는 관계로 甲의 자녀에게 乙법인의 주식을 증여하고, 甲의 자녀가 甲으로부터 경영권을 승계받아 乙법인을 경영할 예정임

2. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】(2010.1.1. 법률 제9921호)

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. (2010. 1. 1. 개정)

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. (2010. 1. 1. 개정)

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다. (2010. 1. 1. 개정)

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조 제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다. (2010. 1. 1. 개정)

○ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】(2011.12.31. 법률 제11133호)

 ⑤ 제1항에 따라 설립되는 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다. (2011. 12. 31. 신설)

 1. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우 (2011. 12. 31. 신설)

 2. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자 하는 경우 (2011. 12. 31. 신설)

○ 조세특례제한법 부칙 (2011.12.31. 법률 제11133호)

 제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 단서생략

 제12조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제32조제5항의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 유상감자하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】(2013.1.1. 법률 제11614호)

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2013. 1. 1. 개정)

 1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 (2013. 1. 1. 개정)

 2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 (2013. 1. 1. 개정)

○조세특례제한법 부칙 (2013.1.1. 법률 제11614호)

 제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다

제11조(중소기업 간의 통합 및 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제31조제7항 및 제32조제5항의 개정규정은 2013년 1월 1일 이후 승계받은 사업을 폐지하거나 취득한 주식 또는 출자지분을 처분하는 분부터 적용한다.

○조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

⑥ 법 제32조제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 "전환법인"이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도·양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조제5항제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. <개정 2013.2.15>

 1. 전환법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우

 2. 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

 3. 전환법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우

 4. 전환법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우

⑦ 법 제32조제5항제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다. <신설 2013.2.15>

 1. 법 제32조제1항을 적용받은 거주자(이하 이 조에서 "해당 거주자"라 한다)가 사망하거나 파산하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 2. 해당 거주자가 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 3. 해당 거주자가 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도, 법 제38조에 따른 주식의 포괄적 교환·이전 또는 법 제38조의2에 따른 주식의 현물출자의 방법으로 과세특례를 적용받으면서 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 4. 해당 거주자가 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

 5. 해당 거주자가 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우