○ 농업협동조합중앙회(이하 “농협중앙회”라 함)는 1961년 설립된 비영리 법인으로「농업협동조합법」제134조에 따른 사업을 영위하고 있음

 - 수익사업인 상호금융사업, 농업경제사업, 축산경제사업 등을 영위하여 조달한 재원을 바탕으로

 - 고유목적사업인 교육․지원사업을 통해 회원조합과 그 구성원인 농민 등 조합원들의 공동이익을 증진하기 위한 활동을 함

○농협중앙회의 IT본부는 농협은행 각 지점 등에 필요한 각종 전산시스템이나 소프트웨어를 구입․개발․운영․유지․보수하고 있으며 이를 농협은행 각 지점뿐만 아니라

 - 회원조합 및 자회사 등에 제공하고 그에 따른 전산용역 제공대가를 연간 4회(3, 6, 9, 12월) 에 나누어 받고 있음

 - 중앙회가 제공하는 전산용역제공 대가에 대하여 자회사로부터 받는 대가는 부가가치세 과세로 신고하고 있으나,

 - 회원조합으로부터 받는 대가는 고유목적사업인 교육․지원사업으로 판단하여 부가가치세 면세로 신고하고 있음

 - 전산시스템은 금융, 경영, 관리, 인프라지원, 채널, 경제통합시스템 등으로 구성되며 금융부분이 전체 전산시스템 사용량의 90% 이상을 점유하고 있음

 - 금융부분이란 농협중앙회가 수익사업인 은행업과 관련하여 지역단위 농협 등 회원조합이 영위하는 대고객 여․수신, 대출업무 등에 필요한 전산용역임

○용역제공에 따른 대가는 전산센터 및 전 계통사무소의 각종 전산기기 운영과 전산업무개발에 소요되는 제반 비용을 중앙회의 각 부서, 회원조합, 자회사 등에 배분하며,

 - 회원조합과는 별도의 용역제공 계약 없이 이사회 합의 및 중앙회, 회원조합의 정산규정 등 자체 배부기준으로 비용을 배분함

2. 질의내용

농업협동조합중앙회(농협중앙회)가 신용사업(은행업 등) 등 관련 전산용역을 지역농협에 공급하고 지역농협은 그 전산용역으로 신용사업을 경영하는 경우 농협중앙회가 공급하는 전산용역이 부가가치세 면세대상인지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

 6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다

   5. 「농업협동조합법」에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회

⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

 1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업

 2. 「부가가치세법 시행령」 제3조제2항에 규정된 사업

 3. 부동산임대업

 4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업

 5. 수상오락서비스업

 6. 유원지·테마파크운영업

 7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조 【부가가치세의 면제등】

① 영 제106조제8항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 별표 10

 5. 「농업협동조합법」 제57조(제2호 마목 및 자목을 제외한다)ㆍ제106조(제2호 마목을 제외한다)ㆍ제111조, 제112조의 8 및 제134조(제1항 제1호 카목을 제외한다)에 규정된 사업. 다만, 식품가공사업(「식품위생법 시행령」에 따른 식품제조ㆍ가공업 및 식품첨가물제조업을 말한다), 인삼제조업(백삼제조업을 제외한다), 인삼ㆍ홍삼제품제조업, 사료제조사업, 사료포장재 사업, 도축업(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」에 따른 수탁판매를 위한 도축업을 제외한다), 농업용자재제조업(농업용필름ㆍ골판지포장상자ㆍ폴리프로필렌포대ㆍ종이포대 제조업을 말한다), 도매업(농산물수탁판매업 및 그 부수업무를 제외한다) 및 상품권 발행사업과 「부가가치세법 시행령」 제33조 제4항 제1호부터 제4호까지에 따른 용역을 제공하는 사업은 제외한다. (2012. 2. 28. 개정)

○ 구 부가가치세법 제12조 【면세】<2013.6.7. 개정 전의 것>

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. <개정 2011.12.31>

11. 금융ㆍ보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 구 부가가치세법 시행령 제33조 【금융·보험용역의 범위】<2013.6.28. 개정 전의 것>

① 법 제12조제1항제11호에 규정하는 금융·보험용역은 다음 각 호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융·보험용역으로 보지 아니한다.

 1. 복권·입장권·상품권·지금형주화 또는 금지금에 관한 대행용역. 다만, 수익증권 등 금융업자의 금융상품 판매대행용역, 유가증권의 명의개서대행용역, 수납·지급대행용역 및 국가·지방자치단체의 금고대행용역은 제외한다.

 2. 기업합병 또는 기업매수의 중개·주선·대리, 신용정보서비스 및 은행업에 관련된 전산시스템과 소프트웨어의 판매·대여용역

 3. 부동산의 임대용역

 4. 제1호 및 제2호에 규정된 것과 유사한 용역 및 그 밖에 기획재정부령이 정하는 용역