[관련 참고자료]

1. 사실관계

임대수익이 발생한 상가 건물을 합동공매를 통해 매매계약을 체결함

2. 질의내용

임대수익이 있었던 건물을 매각시 과세표준인 건물분 공급가액 결정 방법

3. 관련된 법령 및 기존 해석사례

○ 부가가치세법 제29조【과세표준】

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

○ 부가가치세법시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】

법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(안분) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

○ 서면인터넷방문상담3팀-2117, 2004.10.15

사업자가 건축 중에 있는 과세건물을 완성하여 그 토지와 함께 공급(분양)하는 계약을 체결하였으나 그 실지거래가액(분양가액) 중 토지의 가액과 건물 등의 가액구분이 불분명하여 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 같은법시행령 동조 동항 제3호의 규정에 의하여 과세표준을 안분계산하는 것입니다.

* 부가가치세법 시행령 제48조의2는 현행 제64조로 변경