1. 사실관계

○ 학교법인 AA학원은 2009사업연도 및 2011사업연도 법인세 신고시 세무조정으로 고유목적사업준비금을 손금산입 한도액을 초과하여 설정한 후, 한도초과액 2,000백만원을 손금불산입, 유보처분함

 【세무조정내역】

    2009사업연도: 손금산입, 고유목적사업준비금 59,204백만원(△유보)

               손·不, 고유목적사업준비금 한도초과액 2,000백만원(유보)

    2011사업연도: 손금산입, 고유목적사업준비금 50,317백만원(△유보)

                손·不, 고유목적사업준비금 한도초과액 2,000백만원(유보)

2. 질의내용

○ 고유목적사업준비금 손금산입 한도를 초과하여 손금불산입된 금액에 대해 추후 소득금액 경정시 손금으로 추인할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다. (2011.12.31)

 1. ｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

 2. ｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

 3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

 4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립·운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

○ 조세특례제한법 제74조【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2014년 12월 31일(제7호바목 및 제9호의 경우에는 2015년 12월 31일) 이전에 끝나는 사업연도까지 ｢법인세법｣ 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

  가. ｢사립학교법｣에 따른 학교법인

○ 법인세법 제61조【준비금의 손금 계상 특례】

① 내국법인이 ｢조세특례제한법｣에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 ｢주식회사의 외부감사에 관한 법률｣ 제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.