1. 사실관계

○쟁점조합은 2001.11.29. 「주택건설촉진법(법률 제6852호로 개정되기 전의 것)」 제44조제1항 규정에 의하여 설립인가를 받은 재건축조합으로서 2003.07.30. 「도시정비법」 제18조의 규정에 의하여 법인으로 등기한 조합이며 「조세특례제한법」 제104조의7에서 규정한 정비사업조합에 해당함

○쟁점조합의 사업현황은 아래와 같음

-2001.11.29.연립재건축조합 설립인가

-2003.05.20.개인사업자등록(개업일 2001.11.29)

-2003.07.30.법인등기

-2003.09.09.법인으로 전환, 사업자등록(개업일 2003.08.01)

-2005.05.16.외부회계감사보고서

    【조합설립시(2001.06.17)부터～사업시행인가일 전일(2005.05.16)까지】

-2005.05.17.사업시행인가

-2005.10.21.「도시정비법」에 의한 관리처분계획수립을 위한 목적의 종전자산 감정평가 실시

     ※사업시행인가고시일인 2005.05.17로 소급하여 2개 감정기관에서 감정평가한 산술평균액

-2005.11.03.신탁등기

-2006.06.09.재건축 신축공사 착공

-2008.07.31.준공인가(사용검사 완료)

-2009.03.01.긴급임원회의 및 대의원회의 개최

-2009.03.02.종전주택을 신탁등기일(2005.11.03.)로 소급 감정평가

2. 신청내용

○재건축아파트 조합의 토지 취득시기가 조합설립 인가일인지 또는 신탁등기 접수일인지 여부

○재건축아파트 조합의 토지 취득시기가 신탁등기 접수일인 경우 토지 취득원가 산정시 소급감정한 감정가액을 시가로 인정할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○소득세법 제39조 【총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등】

①거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.

②거주자가 매입ㆍ제작 등으로 취득한 자산의 취득가액은 그 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 더한 금액으로 한다.

○소득세법 시행령 제89조 【자산의 취득가액등】

①법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1.타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2.자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3.제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

○소득세법 시행규칙 제48조 【시가의 계산】

영 제89조 제1항 제3호에서 “기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 「법인세법 시행령」 제89조를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

○법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

②법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

○소득세법 제88조 【양도의 정의】

①제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(부담부증여)(「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(수증자)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

○부가가치세법 기본통칙 9-21-1 【현물출자 재화의 공급시기】

사업자가 재화를 법인에 현물출자하는 경우에는 현물출자로서의 이행이 완료되는 때를 그 공급시기로 본다. 이 경우 이행이 완료되는 때란 「상법」제295조제2항에 따라 출자의 목적인 재산을 인도하는 때이며, 등기ㆍ등록 그 밖의 권리의 설정 또는 이전을 요할 경우에는 이에 관한 서류를 완비하여 발급하는 때를 말한다.

○상법 제295조 【발기설립의 경우의 납입과 현물출자의 이행】

②현물출자를 하는 발기인은 납입기일에 지체없이 출자의 목적인 재산을 인도하고 등기, 등록 기타 권리의 설정 또는 이전을 요할 경우에는 이에 관한 서류를 완비하여 교부하여야 한다.

○도시 및 주거환경정비법 제13조 【조합의 설립 및 추진위원회의 구성】

①시장ㆍ군수 또는 주택공사등이 아닌 자가 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 토지등소유자로 구성된 조합을 설립하여야 한다. 다만, 제8조 제3항에 따라 도시환경정비사업을 토지등소유자가 시행하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

②제1항에 따라 조합을 설립하고자 하는 경우에는 제4조에 따른 정비구역지정 고시(정비구역이 아닌 구역에서의 주택재건축사업의 경우에는 제12조 제5항에 따른 주택재건축사업의 시행결정을 말한다) 후 위원장을 포함한 5인 이상의 위원 및 제15조제2항에 따른 운영규정에 대한 토지등소유자 과반수의 동의를 얻어 조합설립을 위한 추진위원회를 구성하여 국토해양부령으로 정하는 방법과 절차에 따라 시장ㆍ군수의 승인을 얻어야 한다.

③제2항에 따라 추진위원회의 구성에 동의한 토지등소유자(이하 “추진위원회 동의자”라 한다)는 제16조제1항부터 제3항까지에 따른 조합의 설립에 동의한 것으로 본다. 다만, 제16조에 따른 조합설립인가 신청 전에 시장ㆍ군수 및 추진위원회에 조합설립에 대한 반대의 의사표시를 한 추진위원회 동의자의 경우에는 그러하지 아니하다.

○도시 및 주거환경정비법 제16조 【조합의 설립인가 등】

①주택재개발사업 및 도시환경정비사업의 추진위원회가 조합을 설립하고자 하는 때에는 토지등소유자의 4분의 3 이상 및 토지면적의 2분의 1 이상의 토지소유자의 동의를 얻어 다음 각 호의 사항을 첨부하여 시장ㆍ군수의 인가를 받아야 한다. 인가받은 사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 조합원의 동의없이 시장ㆍ군수에게 신고하고 변경할 수 있다.

○도시 및 주거환경정비법 제18조 【조합의 법인격 등】

①조합은 법인으로 한다.

②조합은 조합 설립의 인가를 받은 날부터 30일 이내에 주된 사무소의 소재지에서 대통령령이 정하는 사항을 등기함으로써 성립한다.

③조합은 그 명칭 중에 “정비사업조합”이라는 문자를 사용하여야 한다.

○도시 및 주거환경정비법 제45조 【소유자의 확인이 곤란한 건축물 등에 대한 처분】

②주택재건축사업을 시행함에 있어 조합 설립의 인가일 현재 조합원 전체의 공동소유인 토지 또는 건축물에 대하여는 조합 소유의 토지 또는 건축물로 본다.

○도시 및 주거환경정비법 제48조 【관리처분계획의 인가 등】

①사업시행자(제6조제1항제1호부터 제3호까지의 방법으로 시행하는 주거환경개선사업 및 같은 조 제5항의 방법으로 시행하는 주거환경관리사업의 사업시행자는 제외한다)는 제46조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 제46조에 따른 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장·군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경·중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 같으며, 이 경우 조합은 제24조제3항제10호의 사항을 의결하기 위한 총회의 개최일부터 1개월 전에 제3호부터 제5호까지에 해당하는 사항을 각 조합원에게 문서로 통지하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장·군수에게 신고하여야 한다.

4.분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행인가 전에 제48조의2제2항에 따라 철거된 건축물의 경우에는 시장·군수에게 허가 받은 날을 기준으로 한 가격)

《토지 취득시기를 조합설립 인가일 또는 신탁등기 접수일 중 빠른 날로 보는 경우》

○기획재정부 재산세제과-571, 2009.03.23.

귀 질의의 경우 우리부 질의회신내용(재정경제부 소득46073-160, 2002.11.28.)을 참조하시기 바람

※기획재정부 소득46073-160, 2002.11.28.

재건축조합원이 토지를 현물 출자하는 경우 재건축조합의 토지 취득시기는 주택건설촉진법 제44조 제1항의 규정에 의한 주택조합설립인가일 또는 출자한 토지의 신탁등기접수일 중 빠른 날을 말하는 것이고, 취득가액이 불분명한 토지의 취득가액을 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고자 하는 경우 현물 출자일을 기준으로 감정 평가한 가액에 의하여야 하는 것임

○법규과-2688, 2006.06.30.

재건축조합의 소득금액계산에 있어서 필요경비에 산입하는 토지의 가액은 「소득세법 시행령」제89조 및 같은법 시행규칙 제48조의 규정에 의하여 조합원이 현물출자한 당시의 가액으로 하는 것으로, 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 당해 감정가액으로 계산하며, 감정가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」제61조의 규정에 의하여 평가한 가액으로 하는 것임. 이 경우 현물출자의 시기는 재건축조합의 설립인가일 또는 출자한 토지의 등기접수일 중 빠른 날로 하는 것임.

○ 재산세과-199, 2009.01.16.

거주자가 공동사업(주택신축판매업 등)을 경영할 것을 약정하는 계약에 의해 토지 등을 당해 공동사업에 현물출자하는 경우 「소득세법」제88조제1항의 규정에 의하여 등기에 관계없이 현물출자한 날 또는 등기접수일 중 빠른 날에 당해 토지가 유상으로 양도된 것으로 보아 양도소득세가 과세되는 것이나, 이에 해당되는지 여부는 사실판단할 사항임

○부동산거래-1337, 2010.11.09.

거주자가 공동사업(주택신축판매업 등)을 경영할 것을 약정하는 계약에 의해 토지 등을 공동사업에 현물출자하는 경우 「소득세법」제88조제1항에 따라 등기 등에 관계없이 현물출자한 날 또는 등기(등록 및 명의개서 포함) 접수일 중 빠른 날에 해당 토지 등이 유상으로 양도된 것으로 보아 양도소득세가 과세되는 것이며, 이 경우 동업계약서가 작성되지 아니하였거나 그 작성일이 객관적으로 확인되지 않음으로써 현물출자일이 불분명한 경우에는 당사자 간에 묵시적 합의가 성립한 날 또는 사실상 공동사업이 개시된 날 등을 확인하여 사실판단할 사항임.

○심사소득1999-0155, 1999.06.25.

다. 사실관계 및 판단

조합원들은 ○○시 ○○구 ○동 ○○소재 구 삼보연립주택 소유자들로 재건축을 하기 위해 ’94.10.20. ○○구청으로부터 조합설립인가(이하 쟁점 삼보연립 재건축조합 이라 한다)를 얻었고, ’95. 6. 9.사업승인을 얻어 청구외 ○○건설 주식회사 및 청구외 ○○주식회사와 공사도급계약을 체결하여 86세대의 아파트(32평형 54세대, 23평형 32세대)와 상가 1동을 신축분양하였고, 쟁점 삼보연립 재건축조합은 아파트건립 부지에 대하여 가격시점을 ’95.06.09.로하여 한국감정원이 평가한 4,860,408,000원과 나라감정평가법인이 평가한 5,191,048,000원을 기준으로 산출평균한 5,025,728,000원을 수입금액에 대응하는 필요경비 중 토지비로 계상하여 ’98.05.31. ’97과세사업년도 종합소득세 과세표준확정신고를 하였다.

처분청은 수입금액에 대응하는 필요경비 중 조합원들이 출자한 토지가액은 조합원들이 당초 취득당시(연립주택 취득)의 기준시가로 계산하였으나, 과세사업의 총수입금액에 대한 필요경비는 총수입금액에 적정하게 대응되어야하는 바, 재건축조합이 재건축아파트 및 상가를 일반분양하는 것은 공동사업에 해당하며(같은뜻. 소득 46011-1361, ’97.5.17.), 공동사업을 영위하기 위하여 현물출자한 토지는 현물출자할 당시의 가액을 필요경비로 계산함이 타당할 것(같은뜻. 심사 소득99-014, '99.3.26.외)이며, 청구인을 포함한 조합원들이 재건축조합을 결성하고 '94.10.20. 도봉구청장으로부터 조합 설립 인가를 받은 날에 토지의 현물출자가 이루어졌다고 보아야 할 것이고, 현물출자할 당시의 토지가액에 대하여 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 감정평가한 가액에 의할수있다 하겠으나, 쟁점 삼보연립 재건축조합의 경우 토지에 대한 감정평가시점이 현물출자일로 보는 쟁점 삼보연립 재건축조합 설립일인 ’94.10.20.이 아닌 신탁등기 당시인 ’95.6.9.자 감정가액으로서, 이를 현물출자 당시 감정가액으로 볼 수는 없다 하겠다.

○심사종소1999-0035, 1999.04.09.

다.사실관계 및 판단

(2)수입금액에 대응하는 필요경비 중 조합원들이 출자한 토지가액은 조합원들이 당초 취득당시(연립주택 취득)의 기준시가로 계산하였으나, 과세사업의 총수입금액에 대한 필요경비는 총수입금액에 적정하게 대응되어야 하는 바, 재건축조합이 재건축아파트 및 상가를 일반분양하는 것은 공동사업에 해당하며(같은뜻. 소득 46011-1361, 1997.05.17.), 공동사업을 영위하기 위하여 현물출자한 토지는 현물출자할 당시의 가액을 필요경비로 계산함이 타당할 것(같은뜻. 심사 소득 98-730, 1999. 3.26.외)이며, 청구인들이 재건축조합을 결성하고 1995.05.09. ○○구청장으로부터 조합 설립 인가를 받은 날에 토지의 현물출자가 이루어졌다고 보아야 할 것이고, 현물출자할 당시의 토지가액이 불분명하므로 출자당시의 기준시가로 평가한 가액을 필요경비로 계산함이 타당하다.

《토지 취득시기를 신탁등기 시점으로 보는 경우》

○ 국심1999중1631, 2000.07.25.

다. 사실관계 및 판단

(6)위의 내용을 종합해 보면, 재건축조합의 조합원은 조합의 재건축사업 목적 달성에 협력할 의무가 있고, 조합 정관상 그 의무의 하나로 규정된 현물출자 의무는 조합의 재건축사업의 원활한 수행을 위하여 조합원 소유의 토지를 조합에 이전할 의무를 포함하고 있다고 보아야 할 것이어서, 현물출자 시기에 대하여 별도의 약정이 없다면 조합원들이 재건축조합에 토지를 신탁등기하는 시점에서 토지에 대한 현물출자가 이루어진 것으로 보아야 하고, 이 때 재건축조합이 당해 토지를 취득한 것이 되므로 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 토지 신탁등기시의 정상가액을 토지의 취득가액으로 하여야 할 것인 바(국심97중1967, 1998.11.21 같은 뜻임),

○ 국심2001서0163, 2001.08.14.

(2) 사실관계 및 판단

(생략)

(나)조합원들이 조합에 토지를 현물출자한 경우에는 조합원들이 토지를 신탁등기하는 시점에서 토지에 대한 현물출자가 이루어진 것으로 보는 것인 바, 이 때 조합이 당해 토지를 취득한 것이 되므로, 소득세법시행령 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 토지 신탁등기시의 정상가액이 토지의 취득가액이 되고(국심 97중 1967, 1998.9.21 같은 뜻), 토지 신탁등기시의 감정가액은 이에 포함된다 할 것이다.(국심 99중1631, 2000.7.25도 같은 뜻임)

《소급감정 인정한 대법원 판례》

○ 대법원90누4761, 1990.09.28.

상고이유 제(1),(2)점을 함께 본다.

(생략)여기서 시가란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로, 위와 같이 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여 달라진다고 볼 수 없다.

《객관적이고 합리적으로 평가된 경우에만 소급감정을 인정한 대법원 판례》

○ 대법2002두10337, 2004.03.12.

1. 제1부과처분에 관하여

여기서 시가라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 1991.04.012. 선고, 90누8459 판결 ; 1997. 7. 22. 선고, 96누18038 판결 등 참조).

원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고가 1998. 12. 28. 아버지인 ○○○로부터 토지를 증여받은 다음, 1999. 3. 25. 2개 감정평가법인의 감정평가액의 평균액을 증여가액으로 계산하여 증여세를 신고ㆍ납부한 데 대하여, 이들 감정평가들은 그 판시와 같은 점에서 객관적이고 합리적으로 평가된 것으로 볼 수 없고, 다만, 중앙감정평가법인이 2001.10.25. 증여일 무렵인 1998.12.30.을 기준으로 증여재산을 감정평가한 가격은 적정한 비교표준지를 선정하고 당시의 부동산시세의 하락추세를 적절히 반영하고 있으며 비교표준지와의 품등비교 등도 적정한 것으로 보여 이를 시가로 봄이 상당하다는 이유로, 보충적 평가방법에 의하여 평가한 이 사건 제1부과처분 중 위 감정결과에 따른 정당한 세액을 초과하는 부분을 취소하고 있다.

《객관적이고 합리적으로 평가되지 않은 경우 소급감정을 인정하지 않는 판례》

○ 대법원2000두6244, 2002.06.28.

2. 피고의 상고이유에 대한 판단

구 시행령 제5조 제1항에서 말하는 '시가'라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로, 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달리 볼 수는 없다 할 것이다(대법원 1997. 7. 22. 선고 96누18038 판결 등 참조). 그러나 위와 같이 감정가격을 시가로 볼 수 있기 위해서는 어디까지나 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 한다.

《소급감정을 인정하지 않은 해석사례》

○ 법인22601-2511, 1992.11.24.

「법인세법시행령」제46조제2항의 시가라 함은 특수관계인이 아닌 불특정다수인간의 거래에 있어서 자산의 교환가치를 적정하게 반영하였다고 인정되는 매매의 실례가 있는 경우 그 가액을 말하는 것이며, 시가가 불분명한 경우 「법인세법시행규칙」제16조의2에 의하여 계산하는 것이고, 동 규칙의 감정가액이란 당해 자산의 거래당시의 시가를 감정한 가액으로서 소급감정은 인정되지 아니하는 것임.