1. 질의내용

○ 내국법인이 법인세법 시행령 제82조의2 제3항 제1호 및 법인세법 시행규칙 제41조 제3항에 따라 ‘분할등기일 현재 보유한 모든 지배목적 보유 주식과 그와 관련된 자산․부채만을 분할’하는 경우에

 - 최초취득으로 지배주주에 해당하게 된 이후 추가 취득이 이루어진 주식의 지배목적 보유 주식(지배주주 등으로서 3년 이상 보유한 주식) 해당 여부 판단 시 해당 주식의 최초취득시기를 기준으로 하는 것인지 아니면 최종취득시기를 기준으로 하는 것인지 여부

2. 사실관계

○ (주)□□□□(“질의법인”)는 199*.**.**. 설립되어 ◇◇◇◇ 제조, 판매업을 영위하는 내국법인으로

 - ◇◇◇◇ 제조, 판매 사업부문과 주식투자 사업부문으로 회사를 분할할 예정임

○ 주식투자 사업부문의 주식 보유는 상장사인 내국법인 ABC(주) 주식^* **.**%(누적지분율, 현재 3년 이상 보유)와 △△ 현지법인 DEF 주식^** **.**%(누적지분율, 현재 3년 미만 보유)로 구성되어 있으며 취득내역은 다음과 같음

 * ABC(주) 주식 취득내역 : 주식수 *,***천주/ 취득금액 ○,○○○백만원/ 취득기간 2005.5.**.～2008.11.**.

** △△ 현지법인 DEF 주식 취득내역 : 주식수 *,***천주/ 취득금액 ○,○○○백만원/ 취득기간 2012.11.**.～2013.4.**.

3. 관련 법령

○ 법인세법 제46조【분할 시 분할법인등에 대한 과세】

① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 “분할신설법인등”이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 “분할법인등”이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

 1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

 2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

 1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

 가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

 나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

 다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

 2. 분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제2항제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

 3. 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

○ 법인세법 시행령 제82조의2【적격분할의 요건 등】

① 법 제46조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 법 제46조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 제5항에 따른 주주가 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

 2. 법 제46조 제2항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우 : 분할신설법인 등이 제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

② 분할하는 사업부문(분할법인으로부터 승계하는 부분을 말한다. 이하 이 조와 제85조제1호에서 같다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문인 경우에는 법 제46조 제2항 제1호 가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 보지 아니한다. <신설 2014.2.21.>

 1. 기획재정부령으로 정하는 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문

 2. 분할하는 사업부문이 승계한 사업용 고정자산가액(기획재정부령으로 정하는 사업용 고정자산의 가액은 제외한다) 중 ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산이 100분의 80 이상인 사업부문

 3. 주식 등과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문

③ 제2항 제3호에도 불구하고 분할하는 사업부문이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문인 경우에는 법 제46조 제2항 제1호 가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 본다. <신설 2014.2.21.>

 1. 분할법인이 분할등기일 전일 현재 보유한 모든 지배목적 보유 주식 등(지배목적으로 보유하는 주식 등으로서 기획재정부령으로 정하는 주식 등을 말한다. 이하 이 조에서 같다)과 그와 관련된 자산․부채만으로 구성된 사업부문

 2. ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 및 ｢금융지주회사법｣에 따른 지주회사를 설립하는 사업부문. 다만, 분할하는 사업부문이 지배주주 등으로서 보유하는 주식 등과 그와 관련된 자산․부채만을 승계하는 경우로 한정한다.

 3. 제2호와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

⑤ 분할하는 사업부문이 주식등을 승계하는 경우에는 법 제46조제2항제1호나목에 따라 분할하는 사업부문의 자산․부채가 포괄적으로 승계된 것으로 보지 아니한다. 다만, 제3항 각 호에 따라 주식등을 승계하는 경우 또는 이와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <신설 2014.2.21.>

○ 법인세법 시행규칙 제41조【독립된 사업부문 및 포괄승계의 판단기준 등】(2014.3.14. 신설)

③ 영 제82조의2 제3항 제1호에서 “지배목적으로 보유하는 주식 등으로서 기획재정부령으로 정하는 주식 등”이란 분할법인이 영 제43조 제7항에 따른 지배주주 등(이하 “지배주주 등”이라 한다)으로서 3년 이상 보유한 주식 또는 출자지분을 말한다.

⑥ 영 제82조의2제5항 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등을 승계하는 경우를 말한다.

 1. 분할하는 사업부문이 분할등기일 전일 현재 법령상 의무로 보유하거나 인허가를 받기 위하여 보유한 주식 등

 2. 분할하는 사업부문이 100분의 50 이상을 매출하거나 매입하는 법인의 주식등과 분할하는 사업부문에 100분의 50 이상을 매출 또는 매입하는 법인의 주식등. 이 경우 매출 또는 매입 비율은 분할등기일이 속하는 사업연도의 직전 3개 사업연도별 매출 또는 매입 비율을 평균하여 계산한다.

 3. 분할존속법인이 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 및 ｢금융지주회사법｣에 따른 지주회사로 전환하는 경우로서 분할하는 사업부문이 분할등기일 전일 현재 사업과 관련하여 보유하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등

 가. 분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식등

 나. 분할하는 사업부문이 법 제57조제5항에 따른 외국자회사의 주식등을 보유하는 경우로서 해당 외국자회사의 주식등을 보유한 내국법인 및 거주자인 주주 또는 출자자 중에서 가장 많이 보유한 경우의 해당 분할하는 사업부문이 보유한 주식등

○ 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】

⑦ 제3항에서 “지배주주 등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주 등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주 등 중 가장 많은 경우의 해당 주주 등(이하 “지배주주 등”이라 한다)을 말한다.