1. 질의내용

○ 지배종속관계에 있는 3개 회사가 합병하는 경우로서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 주식이 또 다른 피합병법인의 주식이어서 합병과 동시에 소각되는 경우,

 - 그 소각되는 주식의 시가와 종전 장부가액의 차액(세무조정사항 승계액 및 자산조정계정)이 각 사업연도 소득에 포함되는지 여부

2. 사실관계

○ A법인이 발행한 보통주 100%를 B지주회사가 보유하고 있고, B지주회사의 발행 보통주 중 10%는 정부가 나머지 90%는 C공사가 보유 중

○ 정부는 위 3社의 통합을 위해 관련법을 전부개정하고

 - 이에 따라 위 3社는 2014.○.○.자를 합병등기일로 하여 합병

3. 관련 법령

○법인세법 제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】

① 다음 각 호의 구분에 따른 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

 4.감자차익: 자본감소의 경우로서 그 감소액이 주식의 소각, 주금의 반환에 든 금액과 결손의 보전에 충당한 금액을 초과한 경우의 그 초과금액

○법인세법 제44조의3【적격합병시 합병법인에 대한 과세특례】

① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의 2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

○법인세법 시행령 제80조의4【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

① 합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조 제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다.

 1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정이 0보다 큰 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)와 상계하고 0보다 작은 경우에는 감가상각비에 가산. (후단 생략)

 2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

○법인세법 시행령 제85조【합병 및 분할시의 자산부채의 승계】

 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2제1항 후단, 제44조의3제2항, 제46조의2 제1항 후단, 제46조의 3 제2항 또는 물적분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 “세무조정사항”이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다. (2014.2.21. 개정)

 1. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계 (2012.2.2. 개정)