1. 사실관계
○ 질의외 법인(피합병법인)은 2008년도 재무제표 작성시 개정된 기업회계기준에 따라 토지를 재평가하여 약 2,637억 원의 재평가이익을 회계장부에 계상
- 동 재평가이익은 세무상 인정되지 않는바, 관련 회계상 장부가액과 세무상 장부가액의 차이를 (△)유보로 세무조정*하여 법인세를 신고함
* 법인세 세무조정 : 익금산입 2,637억(기타)/ 손금산입 2,637억(△유보)
○ 2009년 12월 질의법인은 피합병법인을 흡수합병하였고, 기업인수·합병 등에 관한 회계처리준칙 제17조에 의거하여 회계상 연결재무제표상의 장부가액을 승계함
- 이에 따라, 피합병법인의 토지는 상기 재평가이익이 가산된 가액으로 승계되어 질의법인의 회계장부에 계상됨
○ 한편, 합병당시 국세청 유권해석(법인세과-1373, 2009.12.4, 이하 “쟁점 해석”)에서는, 합병법인에게 승계되지 않는 피합병법인의 (△)유보로 인해 합병법인의 승계자산 장부가액이 증가된 부분은 합병평가차익을 구성하지 아니하는 것으로 회신함
○ 쟁점 해석에 따라, 질의법인은 피합병법인의 (△)유보를 승계하지 않음으로 인해 발생한 토지에 대한 합병법인의 회계상 장부가액과 피합병법인의 세무상 장부가액의 차이(초과액)는 합병평가차익이 아닌 것으로 판단함
- 이에 따라, 2009사업연도 정기 법인세 신고 시 합병평가차익이 없는 것으로 인식한 후 당시 법인세법 시행령 제80조에서 규정한「합병평가차익조정명세서」를 제출하지 않음 (본건 합병은 합병평가차익의 과세이연 요건을 충족하는 적격합병에 해당함)
○ 2013년 8월 질의법인은 세무조사 수감 중 국세청이 쟁점 해석을 변경한 해석(법규법인-178, 2010.9.17)에 따라 쟁점 해석에 근거해 당초 신고하지 않았던 합병평가차익 및 과세이연을 위한 압축기장충당금을 수정신고*함
* 익금산입 합병평가차익 2,641억 / 손금산입 압축기장충당금 2,637억
(토지 외의 압축기장충당금 설정 불가 자산에서 평가차익 약 4억원 발생)
2. 질의내용
질의법인이 2009사업연도 법인세 신고시 합병평가차익조정명세서를 제출하지 아니한 경우가「개정 국세기본법 시행규칙」제12조 제1항 제1호에서 규정한 “정당한 사유”에 해당하는지 여부
3. 관련법령
○ 국세기본법 제45조【수정신고】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 있다. 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31>
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때
3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)
② 삭제 <1994.12.22>
③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.1.1>
○ 국세기본법 시행령 제25조 【과세표준수정신고】
① (생략)
② 법 제45조제1항제3호에서 "원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2014.2.21>
1. 원천징수의무자가 정산 과정에서「소득세법」제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자의 소득을 누락한 것
2. 세무조정 과정에서 「법인세법」 제36조제1항에 따른 국고보조금등과 같은 법 제37조제1항에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금(익금)과 손금(손금)에 동시에 산입(산입)하지 아니한 것
3. 제2호와 유사한 사유로서 기획재정부령으로 정하는 것
○ 부칙 <제25201호,2014.2.21>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(과세표준 수정신고에 관한 적용례) 제25조제2항의 개정규정은 이 영 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다.
(생략)
○ 국세기본법 시행규칙 제12조【과세표준수정신고】
① 영 제25조제2항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 「법인세법」 제44조, 제46조, 제47조 및 제47조의2에 따라 합병, 분할, 물적분할 및 현물출자에 따른 양도차익[「법인세법」(법률 제9898호 법인세법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 및 제46조에 따른 합병평가차익 또는 분할평가차익을 포함한다. 이하 이 항에서 같다]에 대하여 과세를 이연받는 경우로서 세무조정 과정에서 양도차익의 전부 또는 일부에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 모두에 해당하는 경우는 제외한다.
1. 정당한 사유 없이 「법인세법 시행령」 제80조, 제82조, 제83조의2, 제84조 및 제84조의2에 따라 과세특례를 신청하지 아니한 경우[「법인세법 시행령」(대통령령 제22184호 법인세법 시행령 일부개정령으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제80조, 제82조, 제83조 및 제83조의2에 따라 과세특례를 적용받기 위한 관련 명세서를 제출하지 아니한 경우를 포함한다]
2. 영 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우
② (생략)
○ 부칙 <제404호,2014.3.14>
제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.
제2조(과세표준 수정신고에 관한 적용례) 제12조제1항의 개정규정은 이 규칙 시행 전에 수정신고한 분(이 규칙 시행 전에 해당 관할 세무서장이 해당 수정신고와 관련하여 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하여 통지하지 아니한 경우로 한정한다)에 대해서도 적용한다.
(생략)
