1. 사실관계
○ ◎◎주식회사(이하 “신청법인”이라 함)는 ▲▲기계의 제조 및 판매업을 주사업으로 영위하고 있으며
- 국외관계사(이하 “연구용역 발주처”라 함)를 위하여 ▲▲기계의 신기술과 부분품에 대한 개발 및 설계 등의 수탁연구개발업도 영위하고 있음
○ 신청법인은 연구개발활동을 위한 부설연구소를 ●●(이하 “●●연구소”라 함)에 개설하였으나 ●●연구소의 공간이 협소하여 연구용역 수행에 차질이 발생함에 따라 2014.3.7.에 ◇◇(이하 “◇◇연구소”라 함)에 부설연구소를 신설하였으며
- ◇◇연구소는 ●●연구소의 부 연구소로 인정받았으나 그 조직은 ●●연구소와 독립적으로 이루어져 있고 발생비용도 구분하였고, ◇◇연구소는「부가가치세법」제8조에 따른 사업자등록을 하였음
○ 신청법인이 연구개발사업을 영위하는 과정은 다음과 같음
1. 연구용역의 수임 및 배분
-연구용역발주처가 ◉◉ 시스템을 통해 연구의뢰를 하면 그 업무의 성격에 따라 ●●연구소 또는 ◇◇연구소 내 담당자가 지정되고 ●●연구소와 ◇◇연구소에서 ◉◉ 시스템에 동시접속이 가능하며
- 업무의 배분기준은 다음과 같음
· 특정 연구소에서만 수행가능한 연구과제 : 해당 연구소에 배분
· 협업이 필요한 연구과제 : 전체 연구과제의 일부는 ◇◇연구소에 나머지는 ●●연구소에 배분(●●/◇◇연구소의 담당자가 협의하여 업무배분결정)
· 어느 연구소에서 수행하든 무차별한 연구과제 : 각 연구소의 공간 및 연구원의 유휴시간을 고려하여 가능한 곳에 배분(●●/◇◇연구소의 담당자가 협의하여 업무배분 결정)
① ●●연구소 : 신제품 시장조사 및 차세대 제품설계 방향을 결정, 결정된 차세대 제품에 대한 각 모델별 연구과제 일정관리·부품 및 완제품의 제품개발을 진행
② ◇◇연구소 : 신제품의 시제품을 제작하여 기술적 요건의 만족여부를 검증
2. 연구용역의 공급
- 각 연구소는 배분받은 연구용역을 수행하고 ◉◉ 시스템를 통해 연구용역발주처에 보고하고 있음
3. 연구용역 대가의 청구 및 수취
- ●●연구소와 ◇◇연구소의 발생 총비용에 일정 가산율(3%)을 적용하여 연구용역발주처에 청구함
2. 질의내용
○ 본점이 두 개의 연구소를 지점으로 등록하여 연구개발용역사업을 영위하는 경우
- 각 지점 연구소가 제공하는 연구용역에 대하여「부가가치세법」제6조에 따라 납세지로 신청할 장소
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제6조【납세지】
① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.
② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 사업자가 제2항에 따른 사업장을 두지 아니하면 사업자의 주소 또는 거소를 사업장으로 한다.
④ 제1항에도 불구하고 제8조제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자는 각 사업장을 대신하여 그 사업자의 본점 또는 주사무소의 소재지를 부가가치세 납세지로 한다.
⑤ 다음 각 호의 장소는 사업장으로 보지 아니한다.
1. 재화를 보관하고 관리할 수 있는 시설만 갖춘 장소로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 하치장으로 신고된 장소
2. 각종 경기대회나 박람회 등 행사가 개최되는 장소에 개설한 임시사업장으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고된 장소
⑥ 재화를 수입하는 자의 부가가치세 납세지는「관세법」에 따라 수입을 신고하는 세관의 소재지로 한다.
○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
○ 부가가치세법 제20조【용역의 공급장소】
① 용역이 공급되는 장소는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 곳으로 한다.
1. 역무가 제공되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 장소
○ 부가가치세법 제49조【확정신고와 납부】
① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.
