1. 사실관계
○ 납세자는 2009.1.12. 서울시 @@구 소재 1필지 토지(전 1,652㎡)를 양도하고,「조세제한특례법」제69조에 의하여 양도소득세 200백만원을 감면신청함
○ 납세자가 2005년 이후「조세제한특례법」제69조에 의하여 감면받은 양도소득세는 2005년 100백만원, 2006년 100백만원 2009년 200백만원으로 총 400백만원임
2. 질의내용
○ 2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된「조세특례제한법」(이하 “개정법률”) 제133조 제1항 제2호와 관련된 부칙이 해당 조항의 시행시기만 규정한 경우
-2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 같은 법(이하 “종전법률”) 제133조 제2항과 관련된 부칙 제36조 제2항(경과규정)의 효력이 개정 법률에서도 유효한지 여부
* 종전 법률의 제133조제2항은 개정법률의 제133조제1항제2호로 개정됨
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 부칙(제7839호, 2005.12.31) 제36조【양도소득세 감면 종합한도액에 관한 적용특례】
① 제133조의 개정규정 중 농지대토에 대한 양도소득세 감면 종합한도액은 이 법 시행 후 양도하여 대토하는 분부터 적용한다.
② 제133조제2항 후단의 개정규정을 적용함에 있어서 이 법 시행 전에 제69조의 규정에 의하여 감면받은 세액은 이를 합산하지 아니한다.
○ 조세특례제한법 (제7839호, 2005.12.31) 제133조【양도소득세감면의 종합한도】
① 개인이 제33조, 제34조, 제41조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. <개정 2001.12.29, 2005.12.31>
② 제1항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액 중 제69조와 제70조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액이 그 외 감면받을 양도소득을 제외하고 5개 과세기간의 합계액이 1억원(이하 이 항에서 "농지감면한도액"이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 농지감면한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다. <신설 2005.12.31>
○ 조세특례제한법 부칙(제9272호, 2008.12.26) 제29조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도에 관한 적용례)
제133조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.
○ 조세특례제한법 (제9272호, 2008.12.26) 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도 <개정 2006.12.30>】
① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다. <개정 2008.12.26>
1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액
가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조, 제77조의3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
나. 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조, 제77조의3 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다.
가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
나. 5개 과세기간의 제69조와 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
