1. 사실관계

○ 이◎◎은 2004년～2006년 중 취득한 아래의 농지 8필지를 2011.3.25. 양도가액 ○○○원으로 한국농어촌공사에 양도하였고, 2011.5.31. 조특법 제70조(농지대토에 따른 양도소득세 감면)에 따라 대토감면 신청을 하였음

○ 자문관서는 2014.9.29.～2014.10.24. 현장확인을 실시하여 감면요건을 충족하지 않고 같은 연도에 양도한 다른 양도소득금액을 합산 신고하지 않은 것을 확인하고

 - 2015.1.2. 양도소득세 ××××원(본세 ×××원, 신고불성실 가산세 ××원, 납부불성실 가산세 ××원)을 경정고지 하였음

○ 이◎◎은 양도소득세 고지세액을 납부기한(2015.1.31.)까지 납부하지 않아 현재(2015.2.10.) ××××원(고지세액 ××××원, 가산금 ××원)을 체납중임

○ 이◎◎은 한국농어촌공사에 양도한 위 농지 양도소득에 대하여 조특법 제70조의2(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례)에 따라 환급신청할 예정임

2. 질의내용

○ 조특법 제70조의2(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례) 규정 적용시 환급받을 수 있는 양도소득세의 범위에

 - 양도소득세 무신고․무납부에 따라 고지된 양도소득세액에 포함된 가산세 및 납부기한까지 납부하지 않음에 따라 발생된 가산금이 포함되는지 여부

3. 관련 법령

○ 조세특례제한법 제70조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

① 「농지법」 제2조에 따른 농업인(이하 이 조에서 "농업인"이라 한다)이 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」제24조의3제1항에 따라 직접 경작한 농지 및 그 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 후 같은 법 제24조의3제3항에 따라 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지등을 같은 법 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 환매한 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 해당 농지등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다.

② 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 해당 농지등을 다시 양도하는 경우 그 농지등에 대하여 「소득세법」제95조에 따른 양도소득금액을 계산할 때 취득가액은 같은 법 제97조에도 불구하고 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지등 취득 당시 같은 법 제97조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액으로 하고, 취득시기는 같은 법 제95조제4항 및 제98조에도 불구하고 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지등의 취득일로 한다.

③ 제1항에 따라 환급받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급신청을 하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항을 적용함에 있어 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면의 적용방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제67조의2 【경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제70조의2제3항에 따라 환급을 받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 농지등을 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 매매계약서 사본

2. 해당 농지등을 한국농어촌공사로부터 환매한 환매계약서 사본

② 제1항에 따라 환급신청서를 제출받은 납세지 관할 세무서장이 환급을 하는 경우에 관하여는 「국세기본법」 제51조를 준용한다. 이 경우 같은 법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

③ 법 제70조의2제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 직접 농지등을 경작한 것으로 보아 제66조를 적용한다.

④ 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령」 제19조의6제2항에 따라 농지등의 일부에 대하여 환매를 신청한 경우 제2항에 따른 환급세액은 환매한 농지등에 대하여 납부한 양도소득세에 상당하는 금액으로 한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제61조 【서식등】

52의3. 영 제67조의2제1항에 따른 경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 환급신청서 : 별지 제51호의3서식

○ 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】

① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(「국세징수법」 제14조에 따른 납기전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다. <개정 2010.12.27>

1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비(다른 세무서에 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 포함한다)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세

③ 제2항제2호에의 충당이 있는 경우 체납된 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비와 국세환급금은 체납된 국세의 법정납부기한과 대통령령으로 정하는 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액에 관하여 소멸한 것으로 본다. <신설 2010.12.27>

④ 납세자가 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 그 환급세액을 제2항제1호 및 제3호의 국세에 충당할 것을 청구할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 본다. <개정 2010.12.27>

⑤ 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세액에서 환급받을 환급세액이 있는 경우 그 환급액은 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 충당(다른 세목의 원천징수세액에의 충당은 「소득세법」에 따른 원천징수이행상황신고서에 그 충당ㆍ조정명세를 적어 신고한 경우에만 할 수 있다)하고 남은 금액을 환급한다. 다만, 그 원천징수의무자가 그 환급액을 즉시 환급해 줄 것을 요구하는 경우나 원천징수하여 납부하여야 할 세액이 없는 경우에는 즉시 환급한다. <개정 2010.12.27>

⑥ 국세환급금 중 제2항에 따라 충당한 후 남은 금액은 국세환급금의 결정을 한 날부터 30일 내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세자에게 지급하여야 한다. <개정 2010.12.27>

⑦ 제6항에 따라 국세환급금을 환급할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 한국은행이 세무서장의 소관 수입금 중에서 지급한다. <개정 2010.12.27>

⑧ 세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당되거나 지급된 금액의 반환을 청구하는 경우에는 「국세징수법」의 고지ㆍ독촉 및 체납처분의 규정을 준용한다. <개정 2010.12.27>

⑨ 제1항에도 불구하고 제47조의4제6항 본문 또는 같은 조 제7항에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다. <신설 2011.12.31>

○ 국세기본법 제52조 【국세환급가산금】

세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

○ 국세기본법 제47조 【가산세 부과】

① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(세목)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다.

③ 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

○ 국세징수법 제21조 【가산금】

① 국세를 납부기한까지 완납하지 아니하였을 때에는 그 납부기한이 지난 날부터 체납된 국세의 100분의 3에 상당하는 가산금을 징수한다.

② 체납된 국세를 납부하지 아니하였을 때에는 납부기한이 지난 날부터 매 1개월이 지날 때마다 체납된 국세의 1천분의 12에 상당하는 가산금을 제1항에 따른 가산금에 가산하여 징수한다. 다만, 체납된 국세의 납세고지서별ㆍ세목별 세액이 100만원 미만인 경우는 제외한다.

③ 제2항에 따른 가산금을 가산하여 징수하는 기간은 60개월을 초과하지 못한다.

④ 제1항 및 제2항은 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 대하여는 적용하지 아니한다.

⑤ 상호합의절차가 진행 중이라는 이유로 체납액의 징수를 유예한 경우에는 제2항을 적용하지 아니하고 「국제조세조정에 관한 법률」 제24조제5항에 따른 가산금에 대한 특례를 적용한다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의3 【경영회생 지원을 위한 농지 매입 등】

① 공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

② 공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

③ 제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하여 그 농지등의 환매(환매)를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격ㆍ환매가격 및 지급방법, 임대기간ㆍ임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령 제19조의5 【임대기간ㆍ임대료】

① 공사가 법 제24조의3제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 그 임대기간은 7년으로 한다.

② 공사는 법 제24조의3제1항에 따라 농지등을 매도한 농업인 또는 농업법인이 제1항에 따른 임대기간에 경영회생을 하기 어려운 사유가 있다고 인정되는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 3년을 초과하지 아니하는 범위에서 임대기간을 연장할 수 있다. <개정 2013.3.23>

③ 공사가 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 연간 임대료는 그 농지등의 매입가격에 1천분의 10의 범위에서 농림축산식품부장관이 정하는 비율을 곱하여 산정한 금액으로 하며, 월할(월할) 또는 일할(일할)로 계산할 수 있다. <개정 2013.3.23>

○ 농지법 제2조【정의】

2. "농업인"이란 농업에 종사하는 개인으로서 대통령령으로 정하는 자를 말한다.

○ 농지법 시행령 제3조 【농업인의 범위】

법 제2조제2호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. <개정 2008.2.29, 2009.11.26, 2013.3.23>

1. 1천제곱미터 이상의 농지에서 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자

2. 농지에 330제곱미터 이상의 고정식온실ㆍ버섯재배사ㆍ비닐하우스, 그 밖의 농림축산식품부령으로 정하는 농업생산에 필요한 시설을 설치하여 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하는 자

3. 대가축 2두, 중가축 10두, 소가축 100두, 가금 1천수 또는 꿀벌 10군 이상을 사육하거나 1년 중 120일 이상 축산업에 종사하는 자

4. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 자