1. 질의내용

○ 「상법」제360조의2에 따라 주식의 포괄적 교환에 의해 완전자회사가 되는 B법인의 주주가 보유주식을 완전모회사가 되는 질의법인에 이전하고, 질의법인으로부터 교환대가로 질의법인의 주식을 교부받는 경우

-(질의1) B법인 최대주주 등이 보유하고 있는 B법인 주식(교환의 목적물인 주식)을 할증평가를 하여야 하는지 여부

-(질의2) 질의법인이 주식의 포괄적 교환 이전부터 보유중인 B법인 주식에 대하여 할증평가를 하는지 여부

-(질의3) B법인 주식에 대한 교환대가로 질의법인이 발행․교부하는 신주에 대하여 할증평가를 하여야 하는지 여부

2. 사실관계

○질의법인은「조세특례제한법」제38조에 따라 과세특례요건을 갖추어 「상법」 제360조의 2【주식의 포괄적 교환】에 따라 B법인의 주식을 모두 인수하고 그 대가로 B법인의 주주에게 질의법인의 신주를 교부할 예정임

 -질의법인은 B법인 지분 60%를 보유하고 있어 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항에 따른 특수관계인에 해당함

○ 주식의 포괄적 교환 전․후 주주들 관계

 - 질의법인의 최대주주인 A법인, 질의법인, B법인(자회사)은 「상속세 및 증여세법」제12조의 2[특수관계인의 범위] 제1항 제3호에서 정하는 기업집단의 소속 기업에 해당하며

 ․ 해당 법인들과 갑․을(모두 개인)은 「상속세 및 증여세법」에서 정한 특수관계인에 해당함

 - 질의법인의 최대주주인 A법인과 갑은 질의법인의 「상속세 및 증여세법」제63조 제3항에 따른 최대주주 등에 해당하고, 질의법인과 을은 B법인의 최대주주에 해당하며

 ․ 포괄적 주식교환 이후 A법인과 갑․을 주주가 질의법인의 최대주주 등에 해당함

3. 관련 법령

○ 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】

③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인에 해당하는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주 등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식 등은 제외한다)에 대해서는 제1항제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다. <개정 2011.12.31>

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제53조 【코스닥상장법인의 주식등의 평가 등】

⑥ 법 제63조제3항 전단에서 "평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우의 그 주식등을 말한다. <개정 2010.2.18, 2013.8.27., 2015.2.3>

 1. 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 경우

 2. 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간 중 최대주주 등이 보유하는 주식 등이 전부 매각된 경우(제49조 제1항제1호의 규정에 적합한 경우에 한한다)

 3. 제28조, 제29조, 제29조의2, 제29조의3 및 제30조에 따른 이익을 계산하는 경우

  * 합병, 증자, 감자, 현물출자, 전환사채 증여이익을 계산하는 경우임

 4. 평가대상인 주식등을 발행한 법인이 다른 법인(이하 이 호에서 "1차 출자법인"이라 한다)이 발행한 주식등을 보유하고 있고, 1차 출자법인이 또 다른 법인(또 다른 법인이 1차 출자법인외의 법인에 출자한 경우의 법인을 포함하며, 이하 이 호에서 "2차 출자법인"이라 한다)이 발행한 주식등을 보유함으로써 1차 출자법인 및 2차 출자법인이 최대주주등에 해당하는 경우에 1차 출자법인 및 2차 출자법인의 주식등을 평가하는 경우

 5. 평가기준일부터 소급하여 3년 이내에 사업을 개시한 법인으로서 사업개시일이 속하는 사업연도부터 평가기준일이 속하는 사업연도의 직전사업연도까지 각 사업연도의 기업회계기준에 의한 영업이익이 모두 영 이하인 경우

 6. 법 제67조의 규정에 의한 상속세과세표준신고기한 또는 법 제68조의 규정에 의한 증여세과세표준신고기한 이내에 평가대상 주식등을 발행한 법인의 청산이 확정된 경우

 7. 최대주주등이 보유하고 있는 주식등을 최대주주등외의 자가 법 제47조 제2항에서 규정하고 있는 기간 이내에 상속 또는 증여받은 경우로서 상속 또는 증여로 인하여 최대주주등에 해당되지 아니하는 경우

⑦ 법 제63조제3항 전단에서"대통령령으로 정하는 중소기업"이란 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 말한다. <개정 2003.12.30, 2005.8.5, 2007.2.28, 2009.2.4, 2010.2.18, 2013.8.27>

 (이하 생략)

○ 조세특례제한법 제101조 【중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례】

「상속세 및 증여세법」 제63조를 적용하는 경우 같은 법 제63조 제3항에 따른 중소기업의 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자의 주식 또는 출자지분을 2017년 12월 31일 이전에 상속받거나 증여받는 경우에는 같은 법 제63조제3항에도 불구하고 같은 법 제63조제1항제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액에 따른다. <개정 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.12.23>

○ 소득세법 제101조 【양도소득의 부당행위계산】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다. (2012. 1. 1. 개정)

 (이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제167조 【양도소득의 부당행위 계산】

③ 법 제101조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다. <개정 2007.2.28, 2012.2.2>

 1.특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

 2.그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때

④ 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다. <개정 2012.2.2>

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제64조와 동법시행령 제49조 내지 제59조 및 「조세특례제한법」 제101조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조제1항 본문 중 "평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"으로 보며, 「조세특례제한법」 제101조 중 "상속받거나 증여받는 경우"는 "양도하는 경우"로 본다. <개정 1999.12.31, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28>

○ 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. <개정 2011.12.31>

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. <개정 2011.12.31>

③ (생략)

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(산정) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. <개정 2007.2.28, 2009.2.4, 2012.2.2>

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2010.12.30, 2013.2.15, 2014.2.21>

 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

 2.「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. (후단 생략)

  (이하 생략)

○ 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세 특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의 2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2010.12.27, 2014.1.1>

 1. 주식의 포괄적 교환·이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

 2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환·이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 3. 완전자회사가 교환·이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환·이전일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. <개정 2010.12.27>

 1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

 2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. <개정 2011.5.19>

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 상법 제360조의2 【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.

② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

○ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제165조의4 【합병 등의 특례】

① 주권상장법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위(이하 이 조에서 "합병 등"이라 한다)를 하려면 대통령령으로 정하는 요건·방법 등의 기준에 따라야 한다. <개정 2013.5.28>

 1. 다른 법인과의 합병

 2. 대통령령으로 정하는 중요한 영업 또는 자산의 양수 또는 양도

 3. 주식의 포괄적 교환 또는 포괄적 이전

 4. 분할 또는 분할합병