1. 질의내용
가. 사실관계
○A법인은 12월말 비영리법인으로 2009년 귀속 법인세를 2010년 3월 31일까지 신고 및 납부
- 2011년 8월 중에 경정청구를 통하여 기 납부한 2009년 귀속 법인세중 일부를 2011.09.11.에 환급받음
나. 질의요지
○ 2009년 귀속 법인세의 부과제척기간과 부과제척기간 기산일
2. 관련법령 및 사례
○ 국세기본법 제26조의2【국세 부과의 제척기간】
① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(포탈)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.
1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간
다. 「부가가치세법」 제60조제2항제2호·제3항 및 제4항
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
(생략)
② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우
2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우 그 조치가 있음을 안 날부터 3년 이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 따른 상호합의가 신청된 것으로서 그에 대하여 상호합의가 이루어진 경우
3. 제45조의2제2항 또는 「국제조세조정에 관한 법률」 제10조의2제1항 및 제19조제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3제1항에 따른 조정권고가 있는 경우
(생략)
⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.
○ 국세기본법 시행령 제12조의3【국세 부과 제척기간의 기산일】 ① 법 제26조의2제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(「종합부동산세법」 제16조제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납· 예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.
2. 종합부동산세 및 인지세의 경우 해당 국세의 납세의무가 성립한 날
② 다음 각 호의 날은 제1항에도 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.
1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세의 경우 해당 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정 납부기한의 다음 날
2. 과세표준신고기한 또는 제1호에 따른 법정 납부기한이 연장되는 경우 그 연장된 기한의 다음 날
3. 공제, 면제, 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액을 말하고, 낮은 세율을 적용받은 경우에는 일반세율과의 차이에 상당하는 세액을 말한다. 이하 이 호에서 "공제세액등"이라 한다)을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우 해당 공제세액등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날
○ 국세기본법 기본통칙 26의2-0…1【 국세부과 제척기간의 의의 】국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없으므로 법 제26조의2 제1항 내지 제3항의 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)·(법 제26조의 2 제2항의 당해 판결·결정 또는 상호합의를 이행하기 위한 경정결정 기타 필요한 처분은 제외한다)도 할 수 없다.
○ 국세기본법 기본통칙 26의2-12의3…1
【예정신고분 등의 과세표준과 세액에 대한 국세부과 제척기간의 기산일】영 제12조의3 제1항 제1호에서「중간예납ㆍ예정신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다」라 함은 중간예납ㆍ중간예납ㆍ예정신고 및 수정신고기한의 다음날은 국세부과제척기간의 기산일로 보지 아니하고, 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 정기분 확정신고기한의 다음날을 기산일로 보는 것을 말한다.
○ 기획재정부 조세정책과-292, 2010.03.16
[ 제 목 ]
국세부과제척기간의 기산일
[ 요 지 ]
법인세의 부과제척기간은 해당 사업연도의 법인세 과세표준신고기한의 다음날부터 기산하는 것임
[ 회 신 ]
법인이 조세특례제한법 제63조의 수도권과밀억제권외 지역이전 중소기업 세액감면 규정에 따라 법인세 조세감면을 받은 후 의무불이행 등의 사유로 공제세액등이 추징된 후 해당 사업연도 법인세에 있어서 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용받는 경우에 있어서 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 및 국세기본법 시행령 제12조의3의 규정에 의하여 해당 사업연도의 법인세 과세표준신고기한의 다음날부터 기산하는 것임
○ 징세과-4010, 2008.09.01
법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 부가가치세 및 종합소득세의 국세부과제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간이나, 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에 해당된다면 10년간의 국세부과제척기간이 적용되며 귀 질의가 이에 해당하는지는 납세의무자의 고의, 부정행위의 적극성, 방법 및 정도 등을 종합적으로 확인하여 판단하여야 함
