1. 질의내용

○ 해운기업 과세표준 계산특례의 적용이 종료된 내국법인이 2015사업연도에 법인세법에 의한 과세표준 계산시 특례적용기간에 관하여 작성한 세무조정계산서 등 부속서류를 제출하는 경우 각 사업연도 소득에서 공제받을 수 있는 이월결손금과 기업소득 계산시 차감하는 당기공제결손금의 범위

2. 사실관계

○ (주)□□□□(“질의법인”)은 200*.**.**. 설립하여 2010사업연도부터 해운기업 과세특례를 적용받고 있으며,

 - 2015사업연도부터는 해운기업 과세특례를 신청하지 않고 법인세법을 적용하여 과세표준을 신고할 예정으로 2009사업연도 이후 법인세법에 의한 이월결손금은 아래와 같음

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제104조의 10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】

 ① 내국법인 중 ｢해운법｣상 외항운송사업의 경영 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 “해운기업”이라 한다)의 법인세과세표준은 2019년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다. (2014.12.23. 개정)

 ②～⑨ (생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제104조의 7【해운기업에 대한 법인세과세표준 계산특례】

 ⑧ 특례적용기업은 특례적용기간이 종료되거나 제1항에 따른 요건을 위반하거나 법 제104조의 10 제2항 단서에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기함으로써 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 ｢법인세법｣을 적용받게 되는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 ｢법인세법｣을 적용받은 것으로 보고 각 사업연도의 소득을 계산한다. 다만, 다음 각 호의 ｢법인세법｣ 규정을 적용하는 때에는 각각 해당 호의 계산방법에 따른다.

  1. ｢법인세법｣ 제19조의 2를 적용할 때에는 같은 조 제1항의 대손금으로서 같은 법 시행령 제19조의 2 제1항 각 호의 채권을 회수할 수 없는 사유가 특례적용기간에 발생한 경우에는 같은 조 제3항에도 불구하고 해당 사유가 발생한 사업연도에 손금에 산입한 것으로 본다. (2009.6.19. 신설)

  2. ｢법인세법｣ 제23조를 적용할 때 같은 조 제1항의 상각범위액은 같은 법 시행령 제30조를 준용하여 계산한다. 이 경우 특례적용기간에 ｢법인세법 시행령｣ 제26조 제1항 각 호의 구분을 달리하는 고정자산이나 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호의 자산별․업종별 구분에 따른 기준내용연수가 다른 고정자산을 새로 취득한 경우에는 같은 법 시행령 제26조 제3항 및 제28조 제3항에도 불구하고 해당 자산에 관한 감가상각방법신고서 또는 내용연수신고서를 ｢법인세법｣을 적용받게 된 최초 사업연도의 법인세 과세표준신고기한까지 납세지관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)할 수 있다. (2009.6.19. 신설)

  3. ｢법인세법｣ 제33조를 적용할 때 특례적용기간에는 같은 법 시행령 제60조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 계산한 각 사업연도의 퇴직급여충당금의 손금산입 한도액에 해당하는 금액을 해당 사업연도에 퇴직급여충당금으로서 손금에 산입한 것으로 보고 같은 조 제2항의 퇴직급여충당금의 누적액을 계산한다. (2009.6.19. 신설)

  4. ｢법인세법｣ 제13조․제34조 및 이 법 제144조를 적용할 때에는 다음 각 목에 따른다. 다만, 해당 법인이 ｢법인세법｣을 적용받게 된 최초 사업연도의 과세표준신고기한까지 특례적용기간에 관하여 ｢법인세법｣ 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서 등 기획재정부령으로 정하는 서류를 작성하여 같은 조 제1항에 따른 신고와 함께 납세지관할세무서장에게 제출하는 경우에는 특례적용기간에도 계속하여 ｢법인세법｣을 적용받은 것으로 보고 같은 법 제13조․제34조 및 이 법 제144조를 적용한다. (2009.6.19. 신설)

  가. ｢법인세법｣ 제13조를 적용할 때에는 같은 조 제1호에도 불구하고 특례적용기간의 종료일 현재의 같은 법 시행령 제18조 제1항에 따른 이월결손금의 잔액은 없는 것으로 본다.

  나. ｢법인세법｣ 제34조를 적용할 때에는 같은 조 제4항에도 불구하고 과세표준계산특례를 적용받기 직전 사업연도종료일 현재의 대손충당금 잔액은 ｢법인세법｣을 적용받게 된 최초 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

  다. 이 법 제144조를 적용할 때에는 같은 조 제1항에도 불구하고 같은 항에 따라 이월된 특례적용기간의 종료일 현재의 미공제금액은 없는 것으로 본다.

○ 법인세법 제13조【과세표준】

  내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. (2010.12.30. 개정)

  1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정․경정되거나, ｢국세기본법｣ 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. (2010.12.30. 개정)

  2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득 (2010.12.30. 개정)

  3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 (2010.12.30. 개정)

○ 법인세법 시행령 제18조【이월결손금】

 ① 법 제18조 제6호에서 “대통령령으로 정하는 이월결손금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2011.3.31. 개정)

  1. 법 제14조 제2항에 따른 결손금(법 제44조의 3 제2항 및 제46조의 3 제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 게산할 때 공제되지 아니한 금액 (2010.6.8. 개정)

  2. 법 제60조의 규정에 의하여 신고된 각 사업연도의 과세표준에 포함되지 아니하였으나 다음 각목의 1에 해당하는 결손금 중 법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금에 해당하는 것 (2003.12.30. 개정)

  가. ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금으로서 법원이 확인한 것 (2006.2.9. 개정)

  나. 삭 제(2006.2.9.)

  다. ｢기업구조조정 촉진법｣에 의한 경영정상화계획의 이행을 위한 약정이 체결된 법인으로서 채권금융기관협의회가 의결한 결손금 (2005.2.19. 개정)

○ 법인세법 시행령 제93조【기업의 미환류소득에 대한 법인세】

 ④ 법 제56조제2항제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다)으로 한다.

  1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  가. 법 제18조제4호에 따른 환급금에 대한 이자

  나. 법 제18조의3에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액

  다. 법 제24조제4항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액

  라. 해당 사업연도에 법 제56조제2항제1호가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액

  2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액

  가. 해당 사업연도의 법인세액(법 제57조에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 법 제15조제2항제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액

  나. ｢상법｣ 제458조에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금

  다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액

  라. 법 제13조제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 법 제45조․제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)

  마. 해당 사업연도의 잉여금처분에 따른 상여․퇴직급여로서 손금에 산입하지 아니한 금액

  바. 법 제24조제1항 및 제2항에 따라 기부금 손금산입 한도를 넘어 손금에 산입하지 아니한 금액

  사. ｢조세특례제한법｣ 제9조제1항에 따라 적립한 연구․인력개발준비금으로서 같은 조 제2항제1호에 따라 해당 사업연도에 익금에 산입한 금액