○ 합병법인은 2015.×.××.을 합병기일로 하여 피합병법인을 흡수합병함

○ 합병법인은 상장법인으로서 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”)에 따른 합병절차를 수행하여야 하므로

 -자본시장법에 의해 산정된 합병가액을 기준으로 한 합병비율에 따라 피합병법인에 교부하는 합병 신주에 합병등기일의 종가를 곱하여 합병대가가 산정됨

○본 합병은 「법인세법」제44조제2항의 요건을 갖추지 못함

2. 질의내용

○ [질의1]합병법인이 자본시장법에 따라 산정된 합병가액을 기준으로 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우

 - 그 차액이 피합병법인의 상호·거래관계, 그밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 금액에 해당 여부

○ [질의2]합병법인에서 발생하는 합병매수차손에 대하여 5년 간 균등상각하기 이전 합병등기일이 속하는 사업연도에 익금산입하여야 하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 법인세법 제44조의2 【비적격 합병 시 합병법인에 대한 과세】

① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의3 【비적격합병 시 양도가액과 순자산시가와의 차액 처리】

① 합병법인은 법 제44조의2제2항에 따라 양도가액이 순자산시가에 미달하는 경우 그 차액(이하 "합병매수차익"이라 한다)을 익금에 산입할 때에는 합병등기일이 속하는 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도까지 다음 산식에 따라 계산한 금액을 산입한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 하고, 이에 따라 합병등기일이 속한 월을 1월로 계산한 경우에는 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속한 월은 계산에서 제외한다.

② 법 제44조의2제3항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 합병법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우를 말한다.

③ 법 제44조의2제3항에 따라 양도가액이 순자산시가를 초과하는 경우 그 차액(이하 "합병매수차손"이라 한다)에 대한 손금산입액 계산, 산입방법 등에 관하여는 제1항을 준용한다.