1. 사실관계

○ 신청인은 담배의 제조와 판매를 주업종으로 하며, 국내는 물론 중동, 중앙아시아 및 러시아 등 60여 개국에도 담배를 수출하고 있는 내국법인으로

 - 신청인은 외항선 또는 원양어선 선원에게 제공하기 위한 용도, 주한 외국군 종사자에게 제공하기 위한 용도 등 「지방세법」이 사유를 정하고 「개별소비세법」이 그 사유를 준용하고 있는 면세담배(이하 “본건 면세담배”라 함)를 공급하고 있음

○ 신청인의 면세담배 공급구조를 살펴보면, 신청인은 면세담배의 제조자로서 「담배사업법」이 정하는 바에 따라 면세담배를 「담배사업법 시행규칙」제13조제1항 각호에서 정하는 자(이하 “1차 공급자”라 함)에게만 공급할 수 있고

 - 그 후 1차 공급자는 외항선, 원양어선, 주한외국군 영내소매점 등(이하 “최종 소비처”라 함)의 주문에 따라 신청인으로부터 공급받은 면세담배를 각 최종 소비처에 판매 공급하고 있음

○ 2014.12.24. 개정된 「개별소비세법(법률 제12846호)」에 따라 2015.1.1. 이후부터는 신청인의 제조장에서 반출하는 담배에 대하여 「개별소비세법」이 적용되며

 - 「개별소비세법」제20조의3 제3항은 담배에 대한 개별소비세 공제․환급 “사유”는 「지방세법」을 준용하되 그 “절차”는 「개별소비세법」의 공제․환급절차를 따르도록 규정하고 있음

○ 신청인은 2015.1.1. 이후 본 건 면세담배를 면세 반출함에 있어서 「개별소비세법」제18조가 정하고 있는 조건부 면세반출 절차 내지 같은 법 시행령 제19조의2가 정하고 있는 면세 반출 특례 절차를 따르고 있으며

 - 신청인은 면세 반출된 담배에 관하여 「개별소비세법」시행령 제20조 제4항 및 같은 법 시행령 제19조의2가 정한 반입․용도증명 기한 내에 최종 소비처에 면세용도로 제공되었음을 증명하는 반입증명서를 소관 세무서장에게 제출하여야 하며

 - 만약 그 기한을 준수하지 못할 경우 개별소비세를 신고납부하여야 함

○ 그러나 본 건 면세담배는 다른 개별소비세 과세물품과는 달리 「담배사업법」의 규제에 따라 1차 공급자를 통하여만 최종 소비처에 공급될 수 있고,

 - 외항선, 원양어선 등의 경우 선박의 입항 시기를 극히 예측하기 어려운 특성상 면세담배가 1차 공급자에게 반출된 후 반입․용도 증명기간이 도과한 후에 선박에 공급 되는 경우도 빈번히 발생하고 있음

2. 질의내용

○ 사업자가 반출한 담배에 대하여 면세 반입․용도증명 기한내에 반입증명서를 제출하지 못하여 개별소비세를 신고․납부하고, 그 후 반입․용도증명서를 수취하여 공제․환급 신고기한 내 제출한 경우 기 납부한 개별소비세 공제․환급가능여부

 (제1안) 반입․용도증명 기한 내 반입증명하지 못한 경우에는 개별소비세를 공제․환급 받을 수 없음

 (제2안) 반입․용도증명 기한 내 반입증명하지 못한 경우에도 공제․환급 신고기한 내 제출한 경우에는 개별소비세를 공제․환급 받을 수 있음