○ 거주자 A가 2008년 가입한 연금저축계좌를 2016년 해지하고, 해지 이후 관할 세무서에서 소득․세액공제확인서를 발급받아 원천징수의무자에게 제출하여 2014년 및 2015년 납입금액을 소득(세액)공제 받지 않았음을 증명하고 원천징수세액 중 일부를 환급받고자 함

2. 질의내용

○ 연금저축계좌를 이미 해지한 자가 「소득세법 시행령」 제201조의10 제1항에 따른 소득․세액공제확인서를 발급받아 원천징수의무자에게 제출하는 경우 원천징수의무자가 같은 법 제201조의10 제2항에 따라 과세제외금액을 확인할 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 소득세법시행령 제201조의10【과세제외금액 확인을 위한 소득·세액 공제확인서의 발급 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람(이하 이 조에서 "연금소득자등"이라 한다)이 과세제외금액(공적연금소득의 경우 과세제외기여금등을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 있어 이를 확인받으려는 경우에는 연금보험료 등 소득·세액 공제확인서를 관할 세무서장에게 신청하여 발급받은 후 그 확인서를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.

1. 공적연금 관련법에 따른 각종 연금 및 일시금을 수령하려는 사람

2. 연금계좌에서 인출하려는 사람

3. 법 제21조제1항제18호에 따른 기타소득을 지급받으려는 사람

② 제1항에 따라 연금보험료 등 소득·세액 공제확인서를 제출받은 원천징수의무자는 연금보험료 등의 납입액(이미 과세제외금액으로 확인된 금액은 제외하며, 이하 이 조에서 "확인대상납입액"이라 한다)이 소득공제 및 세액공제를 받은 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 과세제외금액으로 확인하여야 한다.

○ 소득세법 제20조의3 【연금소득】

① 연금소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2013.1.1, 2014.1.1, 2014.12.23>

1. 공적연금 관련법에 따라 받는 각종 연금(이하 "공적연금소득"이라 한다)

2. 다음 각 목에 해당하는 금액을 그 소득의 성격에도 불구하고 연금계좌["연금저축"의 명칭으로 설정하는 대통령령으로 정하는 계좌(이하 "연금저축계좌"라 한다) 또는 퇴직연금을 지급받기 위하여 설정하는 대통령령으로 정하는 계좌(이하 "퇴직연금계좌"라 한다)를 말한다. 이하 같다]에서 대통령령으로 정하는 연금형태 등으로 인출(이하 "연금수령"이라 하며, 연금수령 외의 인출은 "연금외수령"이라 한다)하는 경우의 그 연금

 가. 제146조제2항에 따라 원천징수되지 아니한 퇴직소득

 나. 제59조의3제1항에 따라 세액공제를 받은 연금계좌 납입액

 다. 연금계좌의 운용실적에 따라 증가된 금액

 라. 그 밖에 연금계좌에 이체 또는 입금되어 해당 금액에 대한 소득세가 이연(移延)된 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

3. 제2호에 따른 소득과 유사하고 연금 형태로 받는 것으로서 대통령령으로 정하는 소득

○ 소득세법시행령 제40조의3 【연금계좌의 인출순서 등】

① 연금계좌에서 일부 금액이 인출되는 경우에는 다음 각 호의 금액이 순서에 따라 인출되는 것으로 본다. <개정 2014.2.21>

1. 법 제20조의3제1항제2호 각 목에 해당하지 아니하는 금액 (이하 "과세제외금액"이라 한다)

2. 이연퇴직소득

3. 법 제20조의3제1항제2호나목부터 라목까지의 규정에 따른 금액

② 과세제외금액은 다음 각 호의 순서에 따라 인출되는 것으로 본다. 다만, 제3호는 제201조의10에 따라 확인되는 금액만 해당하며, 확인되는 날부터 과세제외금액으로 본다. <개정 2014.2.21>

1. 인출된 날이 속하는 과세기간에 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료

2. 해당 연금계좌만 있다고 가정할 때 해당 연금계좌에 납입된 연금보험료로서 법 제59조의3제1항 단서에 따른 연금계좌세액공제의 한도액(이하 이 조에서 "연금계좌세액공제 한도액"이라 한다)을 초과하는 금액이 있는 경우 그 초과하는 금액

3. 제1호 및 제2호 외에 해당 연금계좌에 납입한 연금보험료 중 연금계좌세액공제를 받지 아니한 금액