○ ★★★(이하 “신청법인”)는「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 설립된 집합투자업자로

 - 2016.9월 ★★★오피스전문사모부동산투자신탁 4호(이하 “부동산펀드”)를 설정하고 이를 운용하기 위해 부동산 소재지에 신청법인의 지점(이하 “부동산펀드 사업자”)으로 사업자등록하였음

○ 부동산펀드 사업자는 펀드 설정일에 토지매매계약을 체결하고 계약금을 지급하였으며 매도자가 계약상 이행요건을 완결하는 2018.2월에 토지매매대금의 잔금을 지급하고 토지의 소유권을 이전받을 예정으로

 - 토지의 소유권을 이전받은 직후 건물의 착공을 시작하여 건물이 완공되면 오피스 및 리테일 임대업을 약 7년간 영위할 예정임

○ 부동산펀드 사업자는 펀드의 사업타당성을 검토하기 위해 부동산컨설팅 회사, 법무법인, 회계법인 등에 용역을 의뢰하고 부가가치세를 포함한 용역 대가를 지급하였으며

 - 펀드 설정 직후부터 신탁계약에 따라 집합투자업자 및 신탁업자에게 부가가치세를 포함한 용역대가를 지급하였음

2. 질의내용

○ 부동산임대업을 사업목적으로 하는 부동산펀드 사업자가 펀드의 사업타당성 검토 및 신탁계약에 따른 비용을 지출하는 경우 관련 매입세액의 공제방법

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

  1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

  7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

 법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

  1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

  2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

  3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제40조【공통매입세액의 안분】

 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조【공통매입세액 안분 계산】

 ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

 ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

  1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율

  2. 총예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율

  3. 총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율