1. 사실관계
○ 내국법인 A는 증자에 대한 조세감면 결정 및 자본증가변경등기 이후 경제자유구역 내 공장건설에 착공, 공장등록을 완료한 후 현 사업장에서의 공장가동을 개시하였고
- 공장가동 개시 전까지는 경기도 소재 공장에서 산업용 엔클로저시스템 등 제품을 제조하였음
○ A법인은 감면사업과 비감면사업을 구분경리하고 있음
2. 질의내용
○ 경제자유구역에 입주하여 경영하는 사업에 따른 증자의 조세감면에 대한 감면기간의 산정에 있어서
- 감면기간의 기산일을 자본증가에 관한 변경등기일 이후 소득이 최초로 발생한 사업연도로 볼 것인지, 경제자유구역 입주 후 새로운 공장시설 설치가 모두 완료된 이후 최초로 소득이 발생한 사업연도로 볼 것인지에 대한 질의
3. 관련법령
○ 조세특례제한법 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.
2의2. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업
② 「외국인투자촉진법」 제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항제1호·제2호 및 제121조의4제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.
⑥ 외국인투자기업이 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.
⑦ 외국인(「외국인투자촉진법」 제2조제1항제1호에 따른 외국인을 말한다) 또는 외국인투자기업은 「외국인투자촉진법」 제5조제1항에 따른 신고를 하기 전에 하려는 사업이 제1항에 따른 감면대상에 해당하는지 확인하여 줄 것을 기획재정부장관에게 신청할 수 있다.
⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에 따른 취득세 및 재산세의 감면에 대해서는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제116조의2 【조세감면의 기준 등】
⑤ 법 제121조의2제1항제2호의2 또는 같은 항 제2호의8에 따라 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 경제자유구역 또는 「새만금사업 추진 및 지원에 관한 특별법」 제2조에 따라 지정되는 새만금사업지역(이하 이 장에서 "새만금사업지역"이라 한다) 안에서 새로 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 외국인투자금액이 미화 1천만불 이상으로서 제조업을 영위하기 위하여 새로 공장시설을 설치하는 경우
○ 조세특례제한법 제121조의4【증자의 조세감면】
① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.
③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제116조의4 【사업개시의 신고등】
① 사업개시일(「부가가치세법」 제8조제1항에 따른 사업개시일을 말한다. 이하 이 장에서 같다)이전에 법 제121조의2제8항의 규정에 의한 조세감면결정을 받은 외국인투자기업은 사업개시일부터 20일 이내에 그 사업장을 관할하는 세무서장에게 사업개시의 신고를 하여야 한다.
○ 부가가치세법 제8조 【사업자등록】
① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.
○ 부가가치세법 시행령 제6조 【사업 개시일의 기준】
법 제5조제2항에 따른 사업 개시일은 다음 각 호의 구분에 따른다. 다만, 해당 사업이 법령 개정 등으로 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우에는 그 과세 전환일을 사업 개시일로 한다.
1. 제조업: 제조장별로 재화의 제조를 시작하는 날
2. 광업: 사업장별로 광물의 채취ㆍ채광을 시작하는 날
3. 제1호와 제2호 외의 사업: 재화나 용역의 공급을 시작하는 날