1. 사실관계

○ DH사는 코스닥 상장회사인 HM(이하 “ 당사”)을 지주회사로 전환하기 위해 공개매수하여 당사 주식 33%, HL사 주식 34%를 보유함

○당사는 DH사로부터 HL사 주식 34%를 현물출자 받아 2015년 지주회사로 전환함

 - HL사만 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인임

○ HL사를 당사에 현물출자하여 ｢조세특례제한법｣ 제38조의2 규정을 충족한 DH사는 2015사업연도 법인세 신고시 조특법 제38조의2에 따라 과세이연을 신청함

 - 이에 따라 당사는 DH사가 과세이연 신청한 주식부분에 대하여 자산조정계정으로 신고·관리하고 있음

○ 당사의 비상장 자회사인 U법인은 2016년 중에 다른 비상장법인인 T법인에 흡수합병(적격합병)되어 소멸될 예정임

2. 질의내용

○｢조세특례제한법｣ 제38조의2제1항제2호 ‘현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인에서’ 자회사가

 - 현물출자로 인하여 자회사의 요건을 갖춘 특정 내국법인을 말하는지, 아니면 지주회사의 전체 자회사를 말하는지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 등에의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

 ① 내국법인의 내국인 주주가 2018년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다. <개정 2010.12.27>

 1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

 2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

 3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우

 4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우