1. 사실관계

○ 식약처에서는 용역연구개발과제를 외부연구기관에 공모공고, 선정 및 계약 등의 절차를 거쳐 수행하고 있음

○ 부가가치세법에 따라 과세범위로 규정된 학술연구용역을 수행하고 있음

2. 질의내용

○ 산학협력단 등 과세사업자가 주관으로 수행하고 그 중 세부사업으로 면세사업자가 참여하여 수행하는 경우 면세사업자가 수행하는 연구비를 제외하고 부가가치세를 산정하는 것이 가능한지 여부

○ 비영리법인 등 면세사업자가 주관으로 수행하며 그 중 세부사업으로 과세사업자가 참여하여 수행하는 경우 과세사업자는 부가가치세를 납부하지 않아도 되는 지 여부

○ 산학협력단 등 과세사업자가 주관으로 수행하고 그 중 세부사업으로 타 과세사업자가 참여하여 수행하는 경우 주관기관에서 총 연구비에 대한 부가가치세를 납부하는 것인지 각 사업자별로 부가가치세를 납부하는 지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. <개정 2015.8.11>

15. 저술가ㆍ작곡가나 그 밖의 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.