1. 질의내용

○ 합병 전 보유자산의 처분손실 중 이월된 처분손실이 내재손실이 아닌 경우, 2016.12.20. 개정된 「법인세법」 제45조 제3항에 따라 2016사업연도 법인세 신고시 손금산입이 가능한지 여부

2. 사실관계

○ ☆☆☆㈜(이하 “질의법인”이라 함)는 2013.1.3. □□□주식회사(이하 “피합병법인”이라 함)를 흡수합병 하였으며,

 - 상기 합병은「법인세법」제44조 제2항에 따른 적격합병에 해당함

○ 질의법인은 2013, 2014 및 2015사업연도에 피합볍법인으로부터 승계된 기계장치 등 자산 처분으로 인하여 처분손실이 발생하였으나,

 - 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서만 손금산입 하도록 한 「법인세법」제45조 제3항의 규정에 따라 처분손실은 전액 이월되었으며

 -상기 자산의 처분손실이 내재손실(합병 당시 시가가 장부가액보다 낮은 경우)에는 해당되지 않음

○한편, 「법인세법」제45조 제3항은 2016.12.20.자로 개정되어 개정 전 규정에서는 내재손실인지 여부를 불문하고 합병 후 5년 이내 발생한 모든 처분손실에 대하여 공제제한을 적용하였으나,

 - 개정법에서는 적용범위를 합병 시점에서 내재하였던 처분손실로 제한하였으며, 개정 규정은 2017.1.1.이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용하도록 하였음

3. 관련법령

○ 법인세법 제45조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 현재 해당 자산의 제52조제2항에 따른 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 하며, 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다. <개정 2011.12.31, 2016.12.20>

○ 법인세법 부칙 제3조 【합병 시 이월결손금 등 공제 제한에 관한 적용례】(제14386호, 2016.12.20)

  제45조제3항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.