1. 사실관계

○ 내국법인 갑은 물적분할로 A사업부문을 분할하여 분할신설회사를 설립하였음

 - 분할신설회사는 분할등기일에 초기 시설투자 및 운영자금 확보를 위하여 차입금을 승계하였음

○ 갑 법인은 외국법인에 분할신설법인 지분을 양도하였고 이후 갑법인과 외국법인은 차입금 상환 및 운영자금 등 조달을 목적으로 하는 분할신설회사의 유상증자에 참여하였음

 - 유상증자 후 분할신설회사는 증자자금 중 일부를 설비투자 및 운영자금 조달을 위해 승계했던 차입금 상환에 사용할 예정이고 일부는 증자 이후 설비에 대한 후속투자 및 운영자금으로 사용할 예정임

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제121조의2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

 2. 「외국인투자촉진법」 제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8제1항 또는 제121조의9제1항제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업

  가. 제2호의2의 사업인 경우 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제25조에 따른 경제자유구역위원회

  나, 다 생략

 ② 「외국인투자촉진법」 제2조제1항제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항제1호·제2호 및 제121조의4제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.

 ⑥ 외국인투자기업이 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.

 ⑬ 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년이 지나는 날까지 최초의 출자(증자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 하지 아니하는 경우에는 제8항에 따른 조세감면결정의 효력이 상실되며, 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년 이내에 최초의 출자를 한 경우로서 최초의 조세감면결정 통지일부터 5년이 되는 날까지 사업을 개시하지 아니한 경우에는 최초의 조세감면결정 통지일부터 5년이 되는 날을 그 사업을 개시한 날로 보아 제2항, 제4항, 제5항, 제12항 및 제18항을 적용한다.

○ 조세특례제한법 제121조의4【증자의 조세감면】

 ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.

 ③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

 ⑤ 제1항에도 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정 시 확인된 외국인투자신고금액의 범위에서 증자하는 경우에는 제121조의2제6항에 따른 감면신청을 하지 아니하는 경우에도 그 증자분에 대하여 제121조의2제8항에 따른 감면결정을 받은 것으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의2 【조세감면의 기준등】

③ 법 제121조의2제1항제2호에 따라 법인세·소득세·취득세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 「외국인투자촉진법」 제18조제1항제2호에 따른 외국인투자지역안에서 새로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 외국인투자금액이 미화 3천만불 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우

   가. 제조업

   나. 컴퓨터프로그래밍, 시스템통합 및 관리업

   다. 자료처리·호스팅 및 관련 서비스업

 ⑭ 법 제121조의2제2항 각 호 외의 부분 후단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율"이란 「외국인투자 촉진법」 제5조제3항에 따른 외국인투자비율을 말한다. 다만, 외국인투자가가 회사정리계획인가를 받은 내국법인의 채권금융기관이 회사정리계획에 따라 출자하여 새로이 설립한 내국법인(이하 이 항에서 "신설법인"이라 한다)에 대하여 2002년 12월 31일까지 외국인투자를 개시하여 동기한까지 출자목적물의 납입을 완료하는 경우로서 당해 신설법인의 부채가 출자전환(2002년 12월 31일까지 출자전환되는 분에 한한다)됨으로써 우선주가 발행되는 때에는 다음 각호의 비율중 높은 비율을 그 신설법인의 외국인투자비율로 한다.

○ 외국인투자촉진법 제5조【신주 등의 취득에 의한 외국인투자】

 ① 외국인은 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 새로 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국인투자를 하려는 경우에는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액, 외국인투자비율(외국인투자기업의 주식등에 대한 외국투자가 소유 주식등의 비율을 말한다. 이하 같다) 등 대통령령으로 정하는 사항을 변경할 때에도 또한 같다.