1. 사실관계

○ 농업협동조합중앙회(이하 “농협중앙회”)는 농업협동조합법(이하 “농협조합법”)에 의거 기존의 농업협동조합중앙회, 축산업협동조합중앙회 및 인삼협동조합중앙회가 2000.7.1자로 통합하여 설립된 비영리 내국법인으로

 - 회원조합과 농․축산업을 위하여 농산물판매, 농자재와 생활필수품의 구입과 농가 및 농촌지역에의 공급, 축산물의 가공 및 판매,

 - 축산자재의 구입과 축산농가에의 공급, 농촌생활개선 및 문화향상 지원사업, 회원조합의 여․수신 중계기능과 이에 부수하는 기타 사업들을 영위하고 있음

○ 농협중앙회는 법률 제10522호(2011.3.31.) 농협조합법 제134조의2에 따라 2012.3.2. 농협중앙회가 보유하고 있던 경제자회사(농협목우촌, 농협유통, 남해화학 등 13개 자회사)의 주식을 물적분할하여 농협경제지주회사를 설립하였으며

 - 부칙 제6조제1항에 따라 2015.2.28.에는 판매․유통 관련 경제사업(청과도매사업, 공판사업, 종묘사업)을 농협경제지주회사로 현물출자 방식으로 이관하였고

 - 농협중앙회가 취득한 농협하나로유통 및 농협양곡 주식을 농협경제지주회사와 주식의 포괄적 교환을 통하여 농협경제지주회사로 이관하였음

○ 또한 부칙 제6조제2항에 따라 2016.11.9. 이사회 및 대의원회 결의를 거쳐 2017.1.1.에 기 이관된 사업을 제외한 회원경제사업(농협조합지도지원사업), 자재사업을 농협경제지주회사에 현물출자방식으로 이관함에 따라

 - 농민에게 공급하기 위하여「조세특례제한법」제105조제1항제5호에 따라 영세율을 적용받아 매입하여 재고자산으로 보유 중인 농업용기자재(농약․비료․농기계 등)를 농협경제지주회사로 이관함

 - 농협경제지주회사는 이관받은 농업용기자재를 농민에게 공급하는 등 농협중앙회가 수행하던 농민에 대한 사업을 동일하게 수행함

2. 질의내용

○ 농협중앙회가 농민에게 공급하기 위해 영세율을 적용받아 매입하여 재고자산으로 보유 중인 농업용기자재(농약․비료․농기계 등)를 농협경제지주회사에 현물출자하는 거래가 영세율 적용대상인지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

 5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(국가 및 지방자치단체와「농업협동조합법」,「엽연초생산협동조합법」또는「산림조합법」에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회와「농업협동조합법」에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  가.「비료관리법」에 따른 비료로서 대통령령으로 정하는 것

  나.「농약관리법」에 따른 농약으로서 대통령령으로 정하는 것

  다. 농촌 인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 농업용 기계로서 대통령령으로 정하는 것

  라. 축산 인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령으로 정하는 것

  마.「사료관리법」에 따른 사료(「부가가치세법」제26조에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 제외한다)

  바. 산림의 보호와 개발 촉진에 기여할 수 있는 임업용 기자재로서 대통령령으로 정하는 것

  사.「친환경농어업 육성 및 유기식품 등의 관리ㆍ지원에 관한 법률」에 따른 유기농어업자재로서 대통령령으로 정하는 것

○ 농업협동조합법 제134조의2【농협경제지주회사】(2011.03.31 -10522호 일부개정)

① 중앙회는 제134조제1항제2호 및 제3호의 사업과 같은 항 제5호부터 제9호까지의 사업 중 농업경제와 축산경제에 관련된 사업 및 그 부대사업을 분리하여 농협경제지주회사를 설립한다. 이 경우 사업의 분리는「상법」제530조의12에 따른 회사의 분할로 보고, 사업의 분리 절차는 같은 법 제530조의3제1항, 제2항 및 제4항, 제530조의4부터 제530조의11까지의 규정을 준용하되, 같은 법 제530조의3에 따라 준용되는 같은 법 제434조 중 "출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식 총수의 3분의 1 이상의 수"는 "대의원 과반수의 출석과 출석한 대의원 3분의 2 이상의 찬성"으로 본다.

② 농협경제지주회사는 농업경제와 축산경제와 관련된 사업 및 그 부대사업을 수행함으로써 농업인과 조합의 경제활동을 지원하고, 그 경제적 지위의 향상을 촉진하여야 하며 농업인과 조합의 이익에 기여하여야 한다.

③ 농협경제지주회사는 사업을 수행하기 위하여 필요한 경우에는 국가ㆍ공공단체 및 금융기관으로부터 자금을 차입할 수 있다.

④ 이 법에 특별한 규정이 없으면 농협경제지주회사에 대하여는「상법」및「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」을 적용한다.

⑤ 농협경제지주회사 및 그 자회사가 중앙회의 사업 중 대통령령으로 정하는 사업을 수행하는 경우에는 농협경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 본다.

부칙 <제10522호, 2011.3.31>

제1조(시행일)

  이 법은 2012년 3월 2일부터 시행한다. 다만, 제45조제8항(제107조ㆍ제112조 또는 제161조에 따라 준용되는 경우를 포함한다), 제51조제4항(제107조 또는 제112조에 따라 준용되는 경우를 포함한다)의 개정규정과 부칙 제11조는 공포한 날부터 시행하고, 부칙 제19조는 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행한다.

제6조(경제사업의 이관)

 ① 중앙회는 이 법 시행일부터 3년 이내에 판매ㆍ유통 관련 경제사업을 농협경제지주회사에 이관한다.

 ② 중앙회는 이 법 시행일부터 3년이 경과한 날부터 2년 이내에 제1항에 따라 이관된 사업의 성과를 부칙 제5조제2항에 따른 경제사업활성화위원회의 의견을 들어 평가하고 제1항에 따라 이관된 사업을 제외한 경제사업을 이관한다.