1. 사실관계

○ 갑법인은 2015.×.×. 을법인을 적격합병하여 을법인의 자산·부채를 포괄적으로 승계받았음

○ 갑법인은 합병대가로 지급하여야 하는 주식 aa,aaa,aaa주를 조달하기 위하여 합병신주 bb,bbb,bbb주를 신규발행하고, 합병 당시 을법인이 보유하고 있던 갑법인 주식 c,ccc,ccc주(이하 “쟁점 자기주식”이라 함)를 합병신주 교부에 갈음하여 지급하였음

○한편, 갑법인은 당시 쟁점 자기주식과 별도로 합병 전부터 자기주식을 보유하고 있었음

○ 갑법인은 2016.×.××. 기존 자기주식 중 일부를 종업원들에게 성과급 지급목적으로 교부하였습니다.

2. 질의내용

○ 합병법인이 자기주식을 보유한 상태에서 합병을 통해 피합병법인이 보유하던 자기주식을 승계받아 승계받은 자기주식을 합병대가로 교부하고,

 - 이후 사업연도에 합병 전부터 보유하던 자기주식 중 일부를 종업원 성과급으로 교부하는 경우 성과급으로 교부하는 자기주식의 장부가액

3. 관련법령

○ 법인세법 제42조 【자산ㆍ부채의 평가】

①내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 1. 「보험업법」이나 그 밖의 법률에 따른 고정자산의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)

 2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

② 제1항제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.

③다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 제1항과 제2항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.

 1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것

 2.고정자산으로서 천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것

 3.대통령령으로 정하는 주식등으로서 그 발행법인이 부도가 발생한 경우 또는 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받았거나 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업이 된 경우의 해당 주식등

 4. 주식등을 발행한 법인이 파산한 경우의 해당 주식등

(이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제73조 【평가대상 자산 및 부채의 범위】

 법 제42조제1항제2호에서 "재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채"란 다음 각 호의 것을 말한다. <개정 2001.12.31, 2003.12.30, 2005.2.19, 2006.2.9, 2007.2.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.2.18, 2010.12.30, 2011.3.31, 2012.2.2>

 1. (생략)

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유가증권 등

 가. 주식등

 나. 채권

 다.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제20항에 따른 집합투자재산

 라.「보험업법」 제108조제1항제3호의 특별계정에 속하는 자산

(이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제74조 【재고자산의 평가】

① 제73조제1호의 규정에 의한 재고자산의 평가는 다음 각호의 1에 해당하는 방법(제1호의 경우에는 동호 각목의 1에 해당하는 방법을 말한다)중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.

 1.원가법：다음 각목의 1에 해당하는 방법에 의하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법

 가.～다. (생략)

 라. 자산을 품종별ㆍ종목별로 당해 사업연도개시일 현재의 자산에 대한 취득가액의 합계액과 당해 사업연도 중에 취득한 자산의 취득가액의 합계액의 총액을 그 자산의 총수량으로 나눈 평균단가에 따라 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "총평균법"이라 한다)

 마. 자산을 취득할 때마다 장부시재금액을 장부시재수량으로 나누어 평균단가를 산출하고 그 평균단가에 의하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법(이하 "이동평균법"이라 한다)

(이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제75조 【유가증권 등의 평가】

① 제73조제2호가목 및 나목에 따른 유가증권의 평가는 다음 각 호의 방법중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다. <개정 2001.12.31, 2003.12.30, 2005.2.19, 2009.2.4, 2010.6.8, 2011.3.31>

 1. 개별법(채권의 경우에 한한다)

 2. 총평균법

 3. 이동평균법

 4. 삭제 <2009.2.4>

② 제74조제3항 내지 제6항의 규정은 제73조제2호가목 및 나목에 따른 유가증권의 평가에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 제74조제4항중 "선입선출법"은 "총평균법"으로, 동조제6항중 "재고자산평가조정명세서"는 "유가증권평가조정명세서"로 본다. <개정 2011.3.31>

(이하 생략)