1. 사실관계

○ 갑법인은 1998.3.25. 설립되어 공장자동화 시스템의 개발 및 제조, 판매 등의 제조업과 임대업을 주업으로 하고 있으며,

 -경기도 ●●군 △△면에 본점을, 경기도 □□시 ◎◎구에 지점을 두고 있음

○ 갑법인은 2004.11.22. 지점 소재 토지를 취득하고, 2006.1월경 그 토지 위에 1층 건물을 신축하여 임대업에 사용하다가,

 - 2015.11.2. 기존 1층 건물을 3층으로 증축하여 3층 일부 사무실 공간의 임대를 제외한 나머지는 제조업으로 사용하고 있음

○ 갑법인은 2016.12.2. 지점 제조사업부문을 분할하여 을법인을 합병법인으로 하는 인적분할합병을 하였으며,

 - 분할합병의 대상이 되는 지점 제조사업부문은 본점 제조사업부문과 독립적으로 명확히 구분이 가능한 별도 사업부문임

2. 질의내용

○ 내국법인이 지점에서 영위하는 제조사업부문을 분할합병하면서 해당 사업부문에서 직접 사용한 토지 및 건물을 승계하는 경우

 - 그 토지 및 건물이, 「법인세법 시행령」제82조의2제2항제2호에 따라 분할사업부문의 부동산 과다 승계 여부를 판단할 때

 - 사업용 고정자산에서 제외되는 「법인세법 시행규칙」제41조제2항의 “기준일 현재 3년 이상 계속하여 사업을 경영한 사업부문이 직접 사용한 자산”에 해당 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제46조【분할 시 분할법인등에 대한 과세】

① 내국법인이 분할로 해산하는 경우[물적분할(物的分割)은 제외한다. 이하 이 조 및 제46조의2부터 제46조의4까지에서 같다]에는 그 법인의 자산을 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할신설법인등"이라 한다)에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제46조의3에서 같다)은 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인(이하 "분할법인등"이라 한다)이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다. <개정 2011.12.31>

 1. 분할법인등이 분할신설법인등으로부터 받은 양도가액

 2. 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액

②제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 갖춘 분할의 경우에는 제1항제1호의 가액을 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. <개정 2011.12.31>

 1. 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 다음 각 목의 요건을 모두 갖추어 분할하는 경우일 것(분할합병의 경우에는 소멸한 분할합병의 상대방법인 및 분할합병의 상대방법인이 분할등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인일 것)

 가. 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것

 나. 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

 다. 분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것

 2.분할법인등의 주주가 분할신설법인등으로부터 받은 분할대가의 전액(분할합병의 경우에는 제44조제2항제2호의 비율 이상)이 주식으로서 그 주식이 분할법인등의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정(분할합병의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정한 것을 말한다)되고 대통령령으로 정하는 분할법인등의 주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유할 것

 3.분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

(이하 생략)

○ 법인세법 시행령 제82조의2 【적격분할의 요건 등】

① (생략)

② 분할하는 사업부문(분할법인으로부터 승계하는 부분을 말한다. 이하 이 조와 제85조제1호에서 같다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업부문인 경우에는 법 제46조제2항제1호가목에 따라 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것으로 보지 아니한다. <신설 2014.2.21>

 1. 기획재정부령으로 정하는 부동산 임대업을 주업으로 하는 사업부문

 2. 분할하는 사업부문이 승계한 사업용 고정자산가액(기획재정부령으로 정하는 사업용 고정자산의 가액은 제외한다) 중 「소득세법」 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산이 100분의 80 이상인 사업부문

 3. 주식등과 그와 관련된 자산·부채만으로 구성된 사업부문

(이하 생략)

○법인세법 시행규칙 제41조 【독립된 사업부문 및 포괄승계의 판단기준 등】

①(생략)

② 영 제82조의2제2항제2호 및 영 제84조의2제14항제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용 고정자산"이란 다음 각 호의 구분에 따른 기준일 현재 3년 이상 계속하여 사업을 경영한 사업부문이 직접 사용한 자산(부동산 임대업에 사용되는 자산은 제외한다)으로서 「소득세법」 제94조제1항제1호 및 제2호에 해당하는 자산을 말한다. <개정 2016.3.7>

 1. 영 제82조의2제2항제2호의 경우: 분할일

 2. 영 제84조의2제14항제2호의 경우: 현물출자일

(이하 생략)