1. 사실관계

○ 질의법인은 비영리내국법인으로 비수익사업과 수익사업을 각각 영위하고 있음

□ 1차 사업구조개편

○ 질의법인은 적격물적분할을 통해 본건 자회사들을 설립하고, 동시에 지주회사를 설립하는 사업구조 개편을 하고, 자산양도차익 압축기장충당금으로 설정함

□ 2차 사업구조개편

○ 질의법인은 AA유통 관련 사업을 ○○지주회사에 이관하기 위하여 유통 사업부문을 물적분할하여 AA유통 주식회사(이하 “AA유통”이라 함)를 신설하였고,

 - ○○지주회사와 주식의 포괄적 교환을 통하여 AA유통을 ○○지주회사의 완전자회사로 편입시켰음

□ 3차 사업구조개편(예정)

○ 질의법인은 향후 남아 있는 미이관부문을 ○○지주회사로 현물출자할 예정임

 - 한편, 본건 자회사들과 ‘2차 사업구조개편’에서 분할신설되어 지주회사의 완전자회사로 편입된 AA유통을 통합시키는 방안으로,

 - AA유통이 본건 자회사들을 흡수합병(이하 “본건 합병”이라 함)하는 방안을 계획 중이며,

 - 본건 합병은 ｢법인세법｣ 제44조제1항의 요건을 충족하는 적격합병으로 진행할 예정임

○ 본건 합병으로 인하여 본건 물적분할로 신설된 분할신설법인인 ○○지주회사가 분할법인인 질의법인으로부터 승계받은 자산인 ‘본건 자회사들 주식’이 AA유통의 합병신주로 대체되게 됨

2. 질의내용

○ 분할신설법인이 적격물적분할에 따라 분할법인으로부터 승계받은 주식이 그 주식발행법인(피합병법인)의 적격합병으로 인하여 합병신주로 대체되는 경우

 - ｢법인세법｣ 제47조제2항제2호의 “분할법인으로부터 승계받은 자산을 처분하는 경우”에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제47조 【물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례】

①분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조제2항 각 호의 요건(같은 항 제2호의 경우 전액이 주식등이어야 한다)을 갖춘 경우 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제46조제2항제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 자산의 양도차익에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 손금에 산입할 수 있다. <개정 2011.12.31>

② 분할법인이 제1항에 따라 손금에 산입한 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 사업연도에 해당 주식등과 자산의 처분비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 금액만큼 익금에 산입한다. 다만, 분할신설법인이 적격합병되거나 적격분할하는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1>

 1. 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

 2. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 대통령령으로 정하는 자산을 처분하는 경우. 이 경우 분할신설법인은 그 자산의 처분 사실을 처분일부터 1개월 이내에 분할법인에 알려야 한다.

③제1항에 따라 양도차익 상당액을 손금에 산입한 분할법인은 분할등기일부터 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항에 따라 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2011.12.31, 2014.1.1, 2016.12.20>

 1. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

 2. 분할법인이 분할신설법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 미만으로 주식등을 보유하게 되는 경우

④ 분할법인은 제1항에 따라 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 경우 분할법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할신설법인에 승계한다. <신설 2011.12.31>

⑤ 제1항을 적용받으려는 분할법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2011.12.31>

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 양도차익의 계산, 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2011.12.31>

○ 법인세법 시행령 제84조 【물적분할로 인한 자산양도차익상당액의 손금산입】

①법 제47조제1항에 따라 분할법인이 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인으로부터 취득한 주식등(이하 이 조에서 "분할신설법인주식등"이라 한다)의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액으로 한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

②제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 분할신설법인주식등의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

③ 법 제47조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1호와 제2호를 더한 비율에서 제1호와 제2호를 곱한 비율을 뺀 비율을 직전 사업연도 종료일(분할등기일이 속하는 사업연도의 경우에는 분할등기일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 현재 분할신설법인주식등의 압축기장충당금 잔액에 곱한 금액을 말한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

 1. 분할법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조제1항에 따라 취득한 분할신설법인의 주식등의 장부가액에서 해당 사업연도에 같은 조 제2항제1호에 따라 처분한 분할신설법인의 주식등의 장부가액이 차지하는 비율

 2.분할신설법인이 직전 사업연도 종료일 현재 보유하고 있는 법 제47조제1항에 따라 분할법인으로부터 승계받은 제4항에 해당하는 자산(이하 이 조에서 "승계자산"이라 한다)의 양도차익(분할등기일 현재의 승계자산의 시가에서 분할등기일 전날 분할법인이 보유한 승계자산의 장부가액을 차감한 금액을 말한다)에서 해당 사업연도에 처분한 승계자산의 양도차익이 차지하는 비율

④법 제47조제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 감가상각자산(제24조제3항제1호의 자산을 포함한다), 토지 및 주식등을 말한다. <개정 2012.2.2>

(이하 생략)