※ 관련참고자료

○ 사실관계

 - 1995.02.23. 甲, 경기 성남시 분당구 소재 A아파트 취득

 - 2009.02.26. 甲의 처(乙),「조세특례제한법」제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 해당하는 경기 성남시 분당구 소재 B아파트 분양권을 사업주체와 최초로 매매계약(전용면적 117.5㎡)

 - 2011.06.09. 乙, B아파트 분양권의 50%를 남편에게 증여

 - 2011.10.21. B아파트 완공되어 부부(甲,乙)가 각 50%지분 소유

○ 질의내용

 1. 조특법 제98조의3에 해당하는 분양권을 취득한 후, 분양권 상태에서 해당 지분의 50%를 배우자에게 증여한 경우 최초 분양계약 체결한 상대 배우자의 50%지분만 과세특례를 적용할 수 있는지 아니면, 배우자에게 증여한 지분을 포함한 전체 양도차익에 대하여 과세특례를 적용할 수 있는지

 2. 조특법 제98조의3에 해당하는 분양권을 상대 배우자에게 증여하고, 다른 일반주택을 양도할 때 해당 감면대상주택은 거주자의 소유주택에서 제외하는 것인지

 3. 일반주택을 장기임대주택으로 등록하고, 조특법 제98조의3에 해당하는 감면대상 주택을 먼저 양도하여 비과세를 적용받은 후, 임대의무기간을 채운 장기임대주택을 양도할 때 전체 양도차익에 대하여 비과세를 적용 받을 수 있는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제98조의3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(「소득세법」 제104조의2에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. <개정 2016.1.19>

1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

2. 비거주자인 경우: 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간

② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다. <개정 2017.2.8>

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업 또는 재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ붕괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

③ 「소득세법」 제89조제1항제3호를 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. <개정 2014.1.1>

④ 제1항 및 제2항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제2항 및 제104조제1항제3호의 규정에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다. <개정 2014.1.1>

1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표1(같은 조 제2항 단서에 해당하는 경우에는 표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제98조의3 【미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】

① 법 제98조의3제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "미분양주택"이라 한다)을 말한다. 다만, 수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 연면적이 149제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 149제곱미터) 이내인 주택에 한정한다. <개정 2009.9.29, 2015.6.30, 2016.8.11>

1. 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체(이하 이 항에서 "사업주체"라 한다)가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 해당 사업주체가 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2009년 2월 11일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 2009년 2월 12일 이후 선착순의 방법으로 공급하는 주택

2. 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인(「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 받아 해당 사업계획과 「주택법」 제54조에 따라 사업주체가 공급하는 주택(2009년 2월 12일 이후 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 도래하는 주택에 한정한다)

3. ~ 8. 생략

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 주택은 제외한다. <개정 2009.9.29, 2015.6.30>

1. 매매계약일 현재 입주한 사실이 있는 주택

2. 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간(이하 이 조에서 "미분양주택 취득기간"이라 한다) 중에 사업주체(제1항제3호에 따른 주택건설사업자, 같은 항 제4호에 따른 주택도시보증공사, 같은 항 제5호에 따른 시공자, 같은 항 제6호에 따른 기업구조조정부동산투자회사등, 같은 항 제7호에 따른 건축주 및 같은 항 제8호에 따른 신탁업자를 포함한다. 이하 제3호, 제6항ㆍ제8항 및 제10항에서 같다)와 매매계약을 체결한 매매계약자가 해당 계약을 해제하고 매매계약자 또는 그 배우자(매매계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 매매계약을 체결하였던 주택을 다시 매매계약하여 취득한 주택

3. 미분양주택 취득기간 중에 해당 사업주체로부터 당초 매매계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 매매계약하여 취득한 주택

③ 법 제98조의3제1항에서 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다. <개정 2010.2.18>

④ 법 제98조의3제1항에서 수도권과밀억제권역에 해당하는지 여부는 매매계약일 현재를 기준으로 판단한다.

⑤ 법 제98조의3에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 시장ㆍ군수ㆍ구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로부터 기획재정부령으로 정하는 미분양주택임을 확인하는 날인을 받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법 제98조의3제2항의 주택에 대하여는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출한 건축착공신고서 사본과 사용검사 또는 사용승인(임시사용승인을 포함한다) 사실을 확인할 수 있는 서류를 제출하여야 한다.

(이하 이 조 생략)

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. <개정 2017.2.3, 2017.9.19>

1. ~　5. 생략

② ~ ⑨ 생략

⑩ 제1항에 따른 1세대 1주택이 다음 각 호의 요건에 모두 해당하는 경우에는 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1주택을 보유한 것으로 보아 제1항을 적용한다. <신설 2011.10.14, 2015.12.28, 2017.2.3>

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있을 것

2. 해당 주택의 보유기간 중에 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택이 있었을 것

⑪ 생략

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대1주택의 특례】

① ~ <19> 생략

<20> 제167조의3제1항제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. <개정 2015.12.28, 2017.2.3>

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

<21> 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다. <개정 2011.10.14, 2017.2.3>

<22> 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15, 2017.2.3>

1. 납부할 양도소득세 계산식　거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액

2. 임대기간요건 산정특례

가. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다.

나. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다) 또는 같은 법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다)의 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

<23> ~ <24> 생략

○ 소득세법 시행령 제161조 【직전거주주택보유주택 등에 대한 양도소득금액 등의 계산】

① 제154조제10항에 따른 1세대 1주택 및 제155조제20항 각 호 외의 부분 후단에 따른 직전거주주택보유주택(이하 이 조에서 "직전거주주택보유주택등"이라 한다)의 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. <개정 2017.2.3>

② 제1항에도 불구하고 직전거주주택보유주택등이 제156조제1항에 따른 고가주택인 경우 해당 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다. <개정 2013.2.15>

1. 직전거주주택 양도일 이전 보유기간분 양도소득금액

2. 직전거주주택 양도일 이후 보유기간분 양도소득금액

③ 제1항 및 제2항에 따라 계산한 직전거주주택보유주택등의 양도소득금액이 법 제95조제1항에 따른 양도소득금액을 초과하는 경우에는 각각 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다. <개정 2013.2.15>

④ 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조 제2항 표1을 적용하고, 제2항제2호에 따른 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제액은 법 제95조제2항 표2를 적용한다. <신설 2013.2.15>

○ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제4항제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. <개정 2016.8.11, 2016.8.31>

1. 생략

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

(이하 이 조 생략)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 부동산거래관리과-629 , 2011.07.20

귀 질의의 경우 부부가 공동으로 「주택법」제38조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체와 최초로 매매계약을 체결한 후 그 중 한명의 지분을 배우자에게 증여하는 경우 배우자로부터 증여받은 지분은 「조세특례제한법」 제98조의3의 규정을 적용하지 아니하는 것이며, 이 경우 해당주택은 일반주택 비과세 판정시 해당 거주자의 소유주택으로 보아 주택수를 계산하는 것입니다.

○ 법규재산2012-508 (2012.12.24.)

 질의내용과 관련된 기존 해석사례를 (재산세과-686,2009.11.9.)를 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

 (재산세과-686, 2009.11.09)

타인(배우자 또는 가족 포함)으로부터 분양권을 매매ㆍ증여 등으로 승계받아 취득하는 주택(승계한 지분)은 「조세특례제한법」 제98조의3 제1항에 따른 과세특례가 적용되지 아니함.

○ 서면-2016-법령해석재산-5311(2017.05.01)

거주자가 ｢조세특례제한법｣ 제99조의2제1항에 따른 신축주택 또는 미분양주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 최초로 분양받아 분양권 상태에서 본인 소유지분 중 2분의 1을 배우자에게 이전한 후, 본인과 배우자 공동의 명의로 되어 있는 해당 주택을 양도하는 경우, 본인 소유의 지분 2분의 1에 대해서만 같은 조에 따른 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는 것임

○ 서면-2015-법령해석재산-2432(2016.06.24)

거주자가 「주택법」에 따른 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하여 「조세특례제한법」제99조의2 규정의 적용대상이 되는 신축주택의 분양권을 취득한 후 사망하여 거주자의 배우자가 해당 신축주택의 분양권을 상속받아 취득하는 주택을 양도하는 경우에는 같은 조에 따른 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없는 것입니다.

○ 서면-2015-부동산-2342(2015.12.22)

1. 생략

2. 1세대가 양도하는 1개의 주택이 「임대주택법」제6조에 따라 임대주택으로 등록한 사실이 있고, 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(이하 “직전거주주택”이라 함)이 있었을 경우에는 직전거주주택 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하는 것이며, 이때 양도소득금액의 계산은 같은 법 시행령 제161조를 따르는 것입니다.