1. 사실관계

○ ☆☆☆(이하 “신청법인”)는 김포공항 등 14개 공항 및 공항시설의 관리․운영을 위하여 설립된 공기업으로

 - 2014년부터 ★★★(이하 “사업시행자”)과 김포공항 내 대중골프장 사업을 추진하고 있음

○ 사업방식은 BOT(Build-Operate-Transfer) 방식으로 신청법인은 토지를 제공하고

 - 사업시행자는 부지조성 및 시설물 건설 후 20년 동안 운영하면서 토지사용료를 신청법인에 지급하고 사용기간 종료시 모든 시설물 및 권리가 신청법인에 무상으로 귀속됨

○ 협약서상 건설기간은 협약체결일(2014.7.31.)로부터 3년(2017.7.31.)으로 되어 있으며,

 - 운영기간은 협약체결일로부터 3년이 되는 날의 다음날(2017.8.1.) 또는 운영개시일 중 먼저 도래하는 날로부터 20년까지로 약정함

○ 본 사업은 사정상 약정한 건설기간 종료일에 준공하지 못하고 2018.9월경 준공이 예정되어 있으나

 - 운영기간은 2017.8.1.부터 개시됨에 따라 신청법인은 사업시행자로부터 토지사용료를 수취함

○ 협약서상 토지사용료는 사업시행자가 제안한 토지사용료 기준금액에 건설기간 중의 소비자물가변동률을 반영하여 연간 사용료를 산정하도록 하였고

 - 이에 따라 2017년 토지사용료는 위 연간 사용료에 사용일수(153일, 2017.8.1.〜12.31.)를 반영하여 1,552백만원으로 산정함

2. 질의내용

○ 사업시행자가 타인의 토지 위에 시설물을 신축하여 일정 기간 운영한 후 시설물을 토지소유자에게 무상이전하는 BOT 사업방식에서

 - 토지소유자가 시설물의 준공 전에 토지사용료를 수취하는 경우 토지 임대용역의 부가가치세 과세표준 산정방법

 제1안) 시설물의 준공(설치가액 확정) 후 수정세금계산서 발급

‧(준공일 전) 확정된 토지사용료를 용역 제공기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간 합계액

‧(준공일 후) 토지사용료와 시설물 설치가액을 용역 제공기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간 합계액으로 하고, 추가되는 금액에 대하여 당초 분 수정세금계산서 발급

 제2안) 시설물의 준공일 전과 후를 각각 구분하여 과세표준 산정

‧(준공일 전) 준공일 전 지급받는 토지사용료를 수취 개시일부터 준공일 전까지 기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간 합계액

‧(준공일 후) 준공일 후 지급받는 토지사용료와 시설물 설치가액을 준공일 후 용역제공 기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간 합계액