○ 농협경제지주 주식회사(축산경제)(이하 “신청법인”)는 농협경제지주 주식회사(이하 “농협경제지주”)의 지점법인으로

 - 농협경제지주는 구「농업협동조합법」제134조의2제1항에 근거하여 2012.3.2. 농협중앙회로부터 물적분할 되었으며, 농협중앙회가 지분 100%를 소유하고 있는 비금융지주회사임

○ 신청법인은 조사료 재배용 종자를 해외에서 수입하여 지역조합 등을 통해 농업인에게 공급할 예정으로

 - 해당 조사료 재배용 종자 공급업무는 농림축산식품부의 농림사업시행지지침(조사료생산기반확충사업)에 의거 농협경제지주에서 그 업무를 위탁‧보조사업으로 대행하고 있으며

 - 해당 종자는「부가가치세법」제26조제1항제1호 및 같은 법 시행령 제34조에 따른 면세품목(호밀, 귀리, 옥수수, 수수)과 과세품목(이탈리안라이그라스, 수단그라스, 목초종자)으로 구성됨

○ 현재는 정부업무대행단체가 아닌 법인이 농협중앙회와 대행계약을 체결하여 지역조합 등에 조사료 재배용 종자를 공급하면서

 - 부가법상 면세품목에 대하여는 계산서를, 과세품목에 대하여는 세금계산서를 발급하고 있음

2. 질의내용

○「농업협동조합법」에 따라 설립된 농협경제지주(주)의 지점법인이 농림축산식품부의 조사료생산기반확충사업을 위탁‧보조사업으로 대행함에 있어

 -「부가가치세법」상 과세품목인 조사료 재배용 종자를 지역조합 등에 공급시 부가가치세가 면제되는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】

 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

  6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세 면제 등】

 ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

  5.「농업협동조합법」에 의한 조합, 조합공동사업법인 및 중앙회(같은 법에 따라 설립된 농협경제지주회사 및 그 자회사를 포함한다)

 ⑧ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은「부가가치세법 시행령」제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

  1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업

  2.「부가가치세법 시행령」제3조제2항에 규정된 사업

  3. 부동산임대업

  4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업

  5. 수상오락서비스업

  6. 유원지·테마파크운영업

  7. 주차장운영업 및 자동차견인업

○ 조세특례제한법 시행규칙 제48조【부가가치세의 면제 등】

 ① 영 제106조제8항 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

  [별표10] 정부업무대행단체의 면세사업

○ 농업협동조합법 제134조【사업】

 ① 중앙회는 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다. 다만, 제2호 및 제3호의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 경제사업과 관련된 사업은 농협경제지주회사 및 그 자회사가 수행하고, 제4호의2의 사업과 제5호부터 제9호까지의 사업 중 금융사업과 관련된 사업은 농협금융지주회사 및 그 자회사가 수행한다.

  3. 축산경제사업

   가. 회원을 위한 구매ㆍ판매ㆍ제조ㆍ가공 등의 사업

  5. 국가나 공공단체가 위탁하거나 보조하는 사업

○ 농업협동조합법 제161조의4【농협경제지주회사의 사업】

 ① 농협경제지주회사 및 그 자회사는 다음 각 호의 업무를 수행한다.

  1. 제134조제1항제2호 및 제3호의 사업

  2. 제134조제1항제5호부터 제9호까지의 사업 중 경제사업과 관련된 사업 및 그 부대사업

  3. 해당 자회사의 경영관리에 관한 업무

  4. 국가, 공공단체, 조합 및 중앙회가 위탁하거나 보조하는 사업

  5. 국가, 공공단체, 중앙회 및 금융기관으로부터의 자금차입

  6. 조합등의 경제사업 활성화에 필요한 자금지원

  7. 다른 법령에서 농협경제지주회사 및 그 자회사의 사업으로 정하는 사업

  8. 그 밖에 경제사업 활성화를 위하여 농협경제지주회사 및 그 자회사의 정관으로 정하는 사업

 ② 농협경제지주회사 및 그 자회사가 제1항제1호 및 제2호의 사업 중 대통령령으로 정하는 사업을 수행하는 경우에는 농협경제지주회사 및 그 자회사를 중앙회로 본다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제34조【면세하는 미가공식료품 등의 범위】

 ① 법 제26조제1항제1호에 따른 가공되지 아니한 식료품(이하 이 조에서 "미가공식료품"이라 한다)은 다음 각 호의 것으로서 가공되지 아니하거나 탈곡·정미·정맥·제분·정육·건조·냉동·염장·포장이나 그 밖에 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하는 것으로 한다. 이 경우 다음 각 호에 따른 미가공식료품의 범위에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

  1. 곡류

○ 부가가치세법 시행규칙 제24조【면세하는 미가공식료품의 범위】

 ① 영 제34조제1항 및 제2항(영 제49조제1항 본문에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 미가공식료품의 범위는 별표 1의 면세하는 미가공식료품 분류표에 따른다.

 [별표 1] 면세하는 미가공식료품 분류표

○ 조세특례제한법 제2조【정의】

 ③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다. 다만, 한국표준산업분류가 변경되어 이 법에 따른 조세특례를 적용받지 못하게 되는 업종에 대해서는 한국표준산업분류가 변경된 과세연도와 그 다음 과세연도까지는 변경 전의 한국표준산업분류에 따른 업종에 따라 조세특례를 적용한다.

○ 한국표준산업분류 제10차 개정 (2017.1.13.)