1. 사실관계

○ ☆☆☆(주)(이하 “갑법인”)는 1997.1.15. 설립된 이후 의약품 및 의료용구의 창고․물류업, 의약품 도매업을 영위하고 있음

○갑법인의 특수관계법인인 싱가포르 소재 ★★★(이하 을법인”)는 다국적 제약사 또는 임상시험 수탁기관(○○○ 이하 “병법인”) 등(이하 합쳐서 “병법인등”)과 임상시험 의약품 유통 및 보관 서비스 계약을 체결하여 관련 서비스를 제공하고 있음

○ 위 임상시험 의약품 유통 및 보관 서비스 계약과는 별도로 국외 소재 병법인 등이 싱가폴 소재 을법인에게 국내수행 임상시험 관련 대조의약품 및 일회용 주사바늘 등(이하 “쟁점재화”) 임상시험에 필요한 품목의 구매를 요청하면

 - 을법인과 갑법인은 쟁점재화 거래에 대한 별도의 계약 없이 을법인이 필요할 때마다 갑법인에게 쟁점재화의 구매를 요청하고 갑법인은 쟁점재화를 구매하여 을법인이 지정하는 국내 의료기관 등에 쟁점재화를 인도함

○ 대조의약품이란 임상시험약과 비교할 목적으로 사용되는 위약 또는 개발 중이거나 시판 중인 의약품을 말하며 쟁점재화의 공급에 대해 갑법인은 영세율 매출로 신고하였음

○ 조사대상기간인 2012.1기부터 을법인이 이메일로 갑법인에 쟁점재화의 구매를 요청하면 갑법인은 쟁점재화의 매입가액에 5～7%의 이익을 가산한 견적서를 보내며

 - 을법인이 구매의사를 표시하면 갑법인은 국내 의료기관 등으로 쟁점재화를 인도하며, 갑법인은 월말에 한번 위 거래에 대해 을법인에게 대금을 청구하고 그 대금은 외국환은행에서 원화로 수취함

2. 질의내용

○ 사업자가 국내에서 국내사업장이 없는 외국법인이 지정하는 국내의료기관에 임상시험관련 의약품 등을 인도하고 그 대금을 외국법인으로부터 외국환은행에서 원화로 받는 경우로서

 - 해당 국내의료기관이 2014.3.17. 전에 체결한 임상시험용역계약에 따라 해당 의약품 등을 임상시험에 사용하는 경우 해당 의약품 등을 국내의료기관의 과세사업에 사용되는 것으로 보아 영세율을 적용할 수 있는지 여부

 (제1안) 영세율이 적용되지 아니함

 (제2안) 영세율이 적용됨