1. 사실관계

○ 당사는 개인 한의원(면세 사업자번호)을 운영하던 중 5층 건물을 신축하여 1층 및 2층 일부는 임대사업에 사용하고 2층 나머지와 3~5층은 개인 한의원으로 사용하고자 함

- 당사는 위 건물의 임대업을 위하여 기존의 면세 사업자등록과 별도로 일반 과세사업자등록을 하였음

- 당사는 위 건물 신축에 따른 건설용역을 시공사와 면세사업자등록번호로 계약하였음(공사계약 당시에는 과세 사업자등록이 없었음)

2. 질의내용

○ 시공사는 실제 귀속에 따라 총 도급금액에서 예정사용면적을 기준으로 안분하여 개인 의원에 사용되는 부분은 면세사업자번호로 부동산임대에 사용되는 부분은 과세사업자번호로 기재하여 당사에 세금계산서를 발급할 수 있는지 여부

○ 시공사로부터 총 도급금액 전부에 대하여 면세사업자번호로 매입세금계산서를 발급받게 된다면 당사는 실제 귀속에 따라 총 도급금액에서 예정사용면적을 기준으로 안분하여 임대사업에 사용되는 부분에 해당되는 매입세액을 임대사업자번호로 공제할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제8조 【사업자등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

⑩ 제1항부터 제9항까지에서 규정한 사항 외에 사업자등록, 사업자등록증 발급, 등록사항의 변경 및 등록의 말소 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.

○ 부가가치세법 시행령 제11조 【사업자등록 신청과 사업자등록증 발급】

⑩ 「소득세법」 제168조 및 「법인세법」 제111조에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 제14조제1항을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출하면 제1항 및 제2항에 따른 등록신청을 한 것으로 본다.

○ 부가가치세법 시행령 제14조 【사업자등록 사항의 변경】

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세과-119, 2014.02.17

「소득세법」 제168조에 따라 등록한 자로서 면세사업을 경영하는 자가 추가로 과세사업을 경영하려는 경우 「부가가치세법 시행령」 제14조제1항의 규정을 준용하여 사업자등록 정정신고서를 제출한 때에는 같은 법 제8조 및 같은 법 시행령 제11조 제1항에 따른 사업자등록을 한 것으로 보는 것으로서, 귀 질의의 경우 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 되는 것이며, 면세사업에 해당하는 업종은 당해 면세규정을 계속 적용 받을 수 있는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담3팀-1474, 2005.09.08

과세사업과 면세사업에 공통으로 사용할 건물을 신축함에 있어서는 예정사용면적비율로 매입세액을 안분계산하고 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산하는 것임