1. 사실관계
○ 당사는「수입인지에 관한 법률」에 따라 전자문서용 수입인지 판매 및 첩부, 전자문서용 전자수입인지 관리시스템의 구축 및 운영의 업무를 기획재정부로부터 위임 받음
○ 기획재정부는 이와 관련 금융결제원 및 당사와 업무대행 협약서를 체결하였으며 다음과 같음
- 대행업무의 범위 : 금융결제원은 전자문서용 전자수입인지 판매대금의 결제 및 납입관리 업무를 수행함(전자문서용 전자수입인지 판매 및 첩부, 전자문서용 전자수입인지 관리시스템의 구축 및 운영)
- 위탁 수수료 : 금융결제원은 전자문서용 전자수입인지 판매액의 ○%, 당사는 전자문서용 전자수입인지 판매액의 ○%
- 대행업무의 수행기준
․ 기획재정부는 업무대행과 관련하여 추가 기능 또는 최신 기술을 적용하기 위해 업무대행기관에 개선을 요구할 수 있으며 업무대행기관은 요구사항을 반영하여야 함
․ 업무대행기관은 기획재정부의 동의 없이 업무의 전부 또는 일부를 타인에게 양도하거나 대행하게 할 수 없음
․ 업무대행기관은 업무대행 중 업무대행기관의 귀책사유로 발생한 피해에 대하여 기획재정부와 전자수입인지 구매자에게 책임을 짐
○ 당사는 업무대행 수수료를 매월 전자수입인지 판매대금의 납입관리를 대행하는 금융결제원으로부터 수령함
- 금융결제원은 매월 정부수입인지 판매액 중 당사 및 금융결제원의 수수료를 뺀 나머지 금액을 기획재정부에 귀속시킴
- 업무대행수수료는 수입인지의 판매현황 등을 감안하여 매년 재산정됨
2. 질의내용
○ 당사가 국가와 전자문서용 전자수입인지 업무대행에 관한 협약서를 체결하고 매월 금융결제원으로부터 수령하는 업무대행수수료의 부가가치세 면제 여부
- 당사가 수령하는 업무대행수수료와 관련하여 (세금)계산서를 누구에게 발행하는지 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제4조 【과세대상】
부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급
2. 재화의 수입
○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제4호의5 및 제9호는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3, 제11호 및 제12호는 2017년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
○ 조세특례제한법 시행령 제106조 【부가가치세 면제 등】
⑦ 법 제106조제1항제6호에서 "대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
56. 「수입인지에 관한 법률」 제9조제2항에 따라 전자수입인지의 관리와 판매계약의 체결 등에 관한 업무를 위탁받은 전문기관
세금계산서는 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 자기의 책임과 계산 하에 인도 또는 양도하는 자가 실지로 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것임
○ 서면인터넷방문상담3팀-3016, 2007.11.06
세금계산서는 계약상 법률상의 원인에 의하여 재화나 용역을 실제 공급받는 자에게 교부하는 것으로서 재화나 용역의 실제 공급받는 자가 누구인지에 대한 판단은 계약내용, 대가의 지급관계, 유효한 계약인지의 여부 등 거래의 실질에 따라 판단하여야 하는 것임
